Королевская церковь Богоматери расположена в 500 м к югу от собора, вблизи королевского дворца.
Эта церковь относится к первым годам 14 века. Она была возведена по инициативе консулов города на территории древнего монастыря Кающихся братьев Иисуса Христа с церковью и кладбищем. Храм служил приходской церковью дворца, что очевидно из его названия. В 1338 году папой был основан перпиньянский коллеж, который использовал эту церковь и заботился о ней.
Церковь, видимо, сохранила большую часть своей первоначальной архитектуры. На запад выходит портал белого мрамора 1623 года. Однако главный фасад с тремя фасадными нишами, украшенными статуями Богородицы, Иосифа и Симеона — результат реставрационных работ 19 века.
Перекрытия нефа были переделаны в середине 19 века с использованием ложных арок. Внутри находится купель 1-й пол. 14 века, украшенная высоким рельефом с изображением Христа, Крестителя и апостолов. Полихромное резное «Положение во гроб» относится к 15 веку и имеет явное влияние франко-бургундской школы. Запрестольный образ святого Иосифа — работа неоклассического скульптора Пьера Наварра (1730). Другие алтари также выполнены в 19 веке. В 1927 году прихожанами был подарен барельеф с изображением Девы Марии в окружении поющих ангелов, относящийся к 15 веку, который сейчас выставлен в галерее. В восточной части находится зал капитула с ребровым готическим сводом, украшенный гербами мальоркской королевской династии.