По легенде, первая церковь, построенная на месте современной церкви святого Креста, была построена еще самим МакЛоу, основателем города и епископства (по другой версии первую церковь здесь построил Карл Великий после захвата города). Позднее церковь много раз разрушалась и перестраивалась.
В архитектуре нынешнего здания, построенного в 1715 - 1716 годах, не сохранилось почти ничего от древних церквей. Оно было построено по проекту архитектора Амеде-Франсуа Фрезье. Интересно, что строительство велось под контролем военного инженера Гаранго, который в тот же период руководил реконструкцией военных укреплений города.