Ботанический сад находится сразу за северо-западной границей исторического центра Монпелье.
Самый старый во Франции Ботанический сад был создан в 1593 году учёным-ботаником Пьером-Рише де Белльвалем по распоряжению Генриха IV. Образцом послужил самый древний университетский сад в мире, который находится в Падуе (основан в 1545). Вначале предполагалось, что в саду будут выращивать лекарственные растения, необходимые для обучения будущих врачей и аптекарей, однако проект Белльваля очень скоро вышел за рамки университетского сада и превратился в уникальное для своей эпохи место для исследований в области ботаники.
Самая древняя часть сада – горка Рише де Белльваля, послужившая в дальнейшем моделью для множества ботанических садов Европы. Здесь «поселили», в основном, лекарственные растения и представителей местной флоры, но было место и для экзотических растений, а также для лабиринта, полюбоваться которым приезжали ботаники со всей Европы. К сожалению, горка Белльваля не сохранилась до наших дней, так как была разрушена во время осады Монпелье Людовиком XIII в 1622 году.
В течение 10 последующих лет Белльваль за счёт покупки участков земли расширил исходную территорию. Новые площади заняли растения, которые использовал в своих научных работах по ботанической систематике будущий академик Пьер Маньоль. В 1756 сюда перенесли лекарственные растения и построили первую теплицу. Позже, в 1795, в Ботанический сад привезли отросток дерева гинкго, которое стало символом медицинской школы университета Монпелье, а в 1804 построили оранжерею. В течение 19 столетия территория сада выросла более чем вдвое; появилось озеро лотосов, Английский сад и маленький павильон, в котором проводились спектроскопические исследования.
Ботанический сад Монпелье признан памятником истории с 1992 года. Площадь в 4,6 гектаров населяют более 2600 видов растений. Также здесь можно увидеть памятник знаменитому естествоиспытателю Карлу Линнею, Франсуа Рабле и многим другим учёным, работавшим здесь.
Ботанический сад открыт для свободного посещения круглый год, выходной день – понедельник.