Изучение последствий падения Тунгусского метеорита (30.06.1908), сохранение местных биоценозов, фоновый мониторинг окружающей среды.
Заповедник расположен в центральной части Средне-Сибирского плоскогорья на территории Тунгусско-Чунского района Эвенкийского автономного округа. Самая высокая точка заповедника располагается на отрогах цепи сопок, называемой Лакурским хребтом — 533 м над у. м. Заповедник расположен на южной границе распространения островной вечной мерзлоты. Район относится к области высокой континентальности климата с характерными для нее большими амплитудами суточных и сезонных температур воздуха и почвы, малым количеством атмосферных осадков, преимущественно летних, и отчетливо выраженными периодами летней засухи. Среднегодовая температура воздуха на территории заповедника минус 6° С. Вегетационный период длится 110—120 дней. Единственный безморозный месяц года — июль, и хотя средняя его температура 16°, днем в хорошую погоду она может подниматься до 30° и выше. Зимой температура достигает минус 55-58°. Количество дней с отрицательной температурой — 255.
В результате падения метеорита в 1908 г. тайга на площади более 2000 кв. км была повалена и сожжена. Тайга в районе катастрофы за прошедшие 100 лет восстановилась.