Организован в 1932 г. До 1973 г. имел название Супутинский. Расположен в Уссурийском и Шкотовском р-нах Приморского края. До 1972 г. площадь составляла 16 547 га, в настоящее время она расширена до 40432 га.
Рельеф низкогорный, сформирован южными отрогами Сихотэ-Алиня (горы Пржевальского). Высота гор не превышает 300-400 м над ур. м., лишь отдельные вершины поднимаются до 600-700 м. Основные горные породы — песчаники, сланцы, серые кварцевые порфиры, андезитовые или диабазовые порфириты, образующие узкий водораздельный гребень, темно-серые или красные сильно пористые базальты. В северной части есть выходы известняков, образующих живописный скальный массив (гора Змеиная со знаменитой пещерой «Спящая красавица» в среднем течении р. Суворовки).
Территория заповедника входит в состав Амуро-Уссурийского климатического района умеренной зоны с хорошо выраженными чертами муссонного климата Восточной Азии. Средняя продолжительность безморозного периода 105-120 дней, среднегодовая температура воздуха 2,5° С. Температура самого холодного месяца (января) в среднем -17,9° С, самого теплого (августа) 19,7° С; абсолютный минимум на почве — 32° С, максимум 60° С. Количество осадков по годам колеблется от 500 до 1200 мм и в среднем составляет 700-800 мм. Среднегодовая влажность воздуха 70-80% (наименьшая в апреле-мае, наибольшая в июле-августе).
На территории заповедника размещена верхняя часть бассейнов двух небольших горных рек протяженностью около 100 км каждая. На севере это р. Артемовка, впадающая в Уссурийский залив Японского моря, а на юге — р. Комаровка, левый приток р. Раздольной. Летом в период муссонных дождей на реках бывают наводнения.
В заповеднике преобладает лесная растительность, на лесопокрытую площадь приходится 40291 га, или 99% территории.
Наиболее широко распространены хвойно-широколиственные леса, сложенные следующими формациями: кедрово-широколиственными (кедровниками), чернопихтово-широколиственными (чернопихтарниками) и кедрово-елово-широколиственными — переходными к пихтово-еловой формации. Выше пояса хвойно-широколиственных лесов есть участки пихтово-еловых лесов с неморальными (теплолюбивыми) растениями. На горе Змеиная встречаются группировки с преобладанием сосны густоцветковой. Долинные лиственные леса сформированы тополем Максимовича (тополевники), ясенем маньчжурским (ясеневники), ильмом долинным (ильмовники) и различными видами ив. Преобладают смешанные долинные лиственные леса, иногда с участием хвойных пород.
Наиболее характерные породы деревьев — сосна кедровая корейская (кедр корейский), пихты цельнолистная и белокорая, ель аянская, береза желтая, липы амурская, маньчжурская и Таке, орех маньчжурский, граб сердцелистный, ясень маньчжурский, ильмы долинный и лопастный, клены мелколистный и ложнозибольдов; среди кустарников наиболее распространены чубушник тонколистный, лещина маньчжурская, элеутерококк колючий, спиреи, жимолости. Из лиан наиболее многочисленны актинидии аргута и коломикта, лимонник китайский и виноград амурский, а из трав различные виды щитовников, кочедыжников, осок, какалии, хвощи, василистники, кислицы, борцы и др. Всего в заповеднике отмечено 824 вида сосудистых растений, 252 — мохообразных, 118 — лишайников, 1364 — грибов и 210 видов водорослей. К редким видам, занесенным в «Красную книгу России», относятся можжевельник твердый, женьшень настоящий, калопанакс семилопастный, принсепия китайская, сосна густоцветковая и тис остроконечный.
Фоновыми животными заповедника являются кабан, изюбр, барсук, колонок, белка, красно-серая полевка, рябчик, желтогорлая и седоголовая овсянки, синицы — белобрюхая и черноголовая гаички, дятлы седой, белоспинный и большой пестрый. В «Красную книгу России» занесены тигр амурский, леопард восточносибирский, мандаринка, черный аист, тритон когтистый уссурийский. К редким видам в условиях заповедника относятся также широкорот, каллипогон и таракан реликтовые.
Направление научных исследований заповедника — комплексное изучение типичных для южного Сихотэ-Алиня лесных комплексов и разработка мер по их охране. Проведена инвентаризация низших и высших растений.
В заповеднике проведены лесотипологические, геоботанические, почвенные, фаунистические, лесогидрологические, микроклиматические исследования. Изучена биология женьшеня и разработана агротехника его выращивания, что послужило основой для создания в Приморском крае первого в России совхоза «Жень-Шень».