Данилов монастырь является старейшей Москве обителью; был основан в 1282 первым удельным Московским князем Даниилом Александровичем (Даниилом Московским), младшим сыном князя Александра Невского в честь своего небесного покровителя — прп. Даниила Столпника. Князь Даниил умер 4 марта (день его памяти по Юлианскому календарю), перед тем, по обычаю того времени приняв схиму, и был погребен в церкви архангела Михаила в Кремле, где сейчас находится Архангельский собор (по другим источникам, был похоронен на братском кладбище монастыря). Его мощи были обретены в 1652 и перенесены, повелением Царя Алексея Михайловича, в храм Семи Вселенских Соборов в основанной им обители.
По смерти князя, в 1330 великий князь Иоанн Данилович Калита перенес обитель в Кремль, к церкви Спаса (Спас-Преображения) на Бору в Кремле; монастырь был назван Спасским и впоследствии, при Иване III, перенесен в район Таганки, где собственно и возник нынешний Новоспасский монастырь.
Известно также, что при Царе Иоанне Васильевиче умирающий сын одного коломенского купца исцелился у гроба Даниила. Царь, был немало удивлен таким чудом, возобновил монастырь и в 1560 построил там каменную церковь. В 1561 храм во имя свв. Отец Седми Вселенских Соборов (уникальное посвящение во вселенском православии) был освящен митрополитом Московским Макарием. Нынешнее здание храма — это постройка 1729 года.
В декабре 1606 у стен монастыря произошло крупное сражение, вошедшая в историю как сражение крестьянских войск И. И. Болотникова с армией царя Василия Шуйского, закончившееся поражением восставших.
С 1 мая 1917 и до закрытия настоятель обители — епископ Волоколамский Феодор (Поздеевский). Краснов-Левитин и Шавров пишут: «До самой смерти Патриарха Тихона Данилов монастырь играл роль оппозиции справа. Сторонники архиепископа Феодора были во много раз более ярыми „тихоновцами“, чем сам Патриарх Тихон»
По формальном закрытии монастыря в 1918 монастырская жизнь активно продолжалась явочным порядком под руководством его настоятеля архиепископа Волоколамского Феодора (Поздеевского) до 1930; в 1920-е в монастыре временно пребывали многие архиереи, назначенные Патриархом Тихоном на кафедры, но не получавшие разрешения властей отбыть к своей епархии.
В 1920-е годы часть рукописных книг и документов монастыря поступили в московские архивы (ныне находятся в РГАДА
В 1930 на территории был организован изолятор НКВД для детей репрессированных лиц.
Детей родителей которых расстреляли (на бутовском полигоне) свозили в детприемник, который находился в Даниловом монастыре. Имелся специальный приказ — разлучать братьев и сестер и даже знакомых между собой детей. В Даниловом монастыре известно место у стены, где были найдены останки множества детей. В детприемнике дети болели, умирали, и их там стали хоронить. На этом месте построена часовня.
До 1932 продолжались богослужения в приходской церкви Воскресения Словущего в Даниловской слободе (храм к югу от монастыря).
Мощи князя Даниила, хранившиеся открыто в храме Святых Отец Семи Вселенских Соборов, с 1917 по 1930 находились в Троицком соборе; в 1930 перенесены в храм Воскресения Словущего за южной стеной монастыря.
Судьба мощей князя Даниила после закрытия церкви Воскресения Словущего остается неизвестной.
В ноябре 1982, незадолго до своей кончины, Л. Брежнев подписал указ о передаче Московской Патриархии Донского монастыря; в конце мая 1983 Донской был заменён на Данилов.
Журнал московской Патриархии № 8 за 1983 содержит материал о посещении Патриархом Пименом и сопровождавшими его лицами Председателя Совета по делам религий при Совете министров СССР Куроедова. Последний сообщил иерархам, что правительство СССР приняло решение возвратить Данилов монастырь «для создания в нем и на прилегающем участке Административного центра Московского Патриархата; разрешено также строительство новых служебных помещений на этой территории.»
Наместником возрождающейся обители был назанчен архимандрит Евлогий (Смирнов), эконом Троице-Сергиевой Лавры. Монастырь восстанавливался как «Духовный и Административный Центр РПЦ», средства на его восстановление жертвовались как приходами Москвы, так и всеми епархиями Московского Патриархата.
В сентябре 1983 во всех храмах Москвы было благословлено петь тропарь князю Даниилу в конце служб и поминать его на отпустах.
12 сентября 1983 Данилов монастырь посетил Патриарх Пимен.
Основными реставрационными работами руководил архитектор И. И. Маковецкий.
С Великого поста 1984 братия монастыря совершала службы в праздничные дни в Малом соборе Донского монастыря.
8 июня 1985 состоялось первое освящение престола — в храме Покрова (нижний этаж собора Свв. Отец Седми Вселенских Соборов).
15 октября 1985 в отреставрированный Новый братский корпус переехал Отдел внешних церковных сношений.
29 мая 1986 в монастырь были принесены частицы мощей князя Даниила, переданные митрополитом Феодосием, предстоятелем Американской православной церкви; было сообщено, что ранее они принадлежали архиепископу Феодору (Поздеевскому).
Современный Данилов монастырь имеет статус ставропигии, то есть его священно-архимандритом (настоятелем) является правящий епископ Москвы — Патриарх Московский и всея Руси.
Повседневной жизнью монастыря руководит наместник в сане архимандрита.
Как и все современный монастыри в России, Данилов монастырь по своему уставу — «общежительный», что подразумевает общую молитву, труд и трапезу всей братии.
Богослужения совершаются ежедневно. При монастыре действуют воскресная школа, катехизисные курсы для взрослых, издательство «Даниловский благовестник», экскурсионная служба и церковные мастерские. Монастырь имеет два подворья: в Разянской области и в Подмосковье.
С августа 1986 по май 1987 наместником был архимандрит Пантелеимон (Долганов); с мая 1987 — архимандрит Тихон (Емельянов); с января 1990 — архимандрит Ипполит (Хилько).
18 августа 1987 за всенощной в Троицком соборе молился Вселенский Патриарх Димитрий, прибывший в тот день с официальным визитом в РПЦ.
30 мая 1988 монастырь посетил Президент США Р. Рейган.
На месте бывшего некрополя, в западной части территории обители, было построено новое здание резиденции Патриарха и Священного Синода.
11 февраля 1988 в здании б. Братского больничного копуса, примыкающего с запада к надвратной церкви, был освящён храм прп. Серафима Саровского.
Верхний храм церкви Седми Вселенских Соборов был освящён 26 марта 1988.
С 2001 в Покровском храме покоятся мощи преподобноисповедника Георгия (Лаврова), с 1922 до 1982 подвизавшегося в обители. Мощи святого, прославленного на Архиерейском Соборе 2000, были обретены 11 октября 2000 на Бугровском кладбище в Нижнем Новгороде.
После многолетних переговоров с Гарвардским университетом в марте 2007 — благодаря согласию Виктора Вексельберга обеспечить полное финансирование всех затрат по проекту и организационную поддержу при осуществлении сложных в техническом отношении операций. После этого к переговорам подключился Культурно-исторический фонд «Связь Времен», председателем попечительского совета которого является Виктор Вексельберг. было подписано соглашение о возвращении колоколов монастырской звонницы монастырю. 12 сентября 2007 года, по окончании литургии, Патриарх Алексий II в присутствии предпринимателя Виктора Вексельберга совершил чин освящения колокола «Будничный» — первого из возвращённых
