Спас-Каменный – это первый каменный монастырь на русском Севере. Он расположен практически в центре Кубенского озера на небольшом островке размером 120 на 70 метров. Чтобы предохранить берега острова от постепенного разрушения, монахи со всех сторон обложили его грудами дикого камня, укрепили деревянным срубом и сваями. По геологическому устройству остров состоит из каменистого щебневатого камня, почему издревле и называется «каменным», а монастырь – по имени главного храма во имя Преображения Спасителя именуется Спасо-Каменным или Спас на Каменном. Ледяные горы, окружающие его весной, образуют неприступную крепость. В это время недели на две прекращается всякая связь с сушей.
Существует предание об основании монастыря на Каменном острове в Кубенском озере. В 1260 году Белозерский князь Глеб Василькович, путешествуя от Белоозера к Устюгу на судах, попал на Кубенском озере в бурю и в минуты опасности дал обет построить церковь и монастырь на том месте, где пристанет к берегу. Судно прибило к Каменному острову. На острове жили двадцать три инока, которые по бедности не имели у себя церкви, а собирались для молитвы в часовню. Князь приказал построить церковь во имя Преображения Господня и деревянные кельи. С того времени монастырь Спасо-Каменный находился под покровительством белозерских князей, расцвел, сделался многолюдным и благоустроенным, особенно во дни игумена своего Дионисия Грека, который дал этой обители устав святой горы Афонской, где сам принял пострижение. Через два столетия молва о праведниках с островной обители разнеслась так далеко, что мечтавший о наследнике Великий князь Василий III отправился паломником в Спасо-Каменный монастырь с женой Еленой Глинской. Мальчика, появившегося на свет после княжеского паломничества на Кубенское озеро, история запомнила под именем Ивана Грозного. Бывал на острове и Петр Великий, не раз проплывавший Кубенским озером.
Добраться до Спас-Каменного острова нелегко в любое время года. Летом и осенью волны бывают столь сильные, что уносят даже легкую моторную лодку. Зимой встает лед, но и это не самый надежный способ добраться до острова. Вся история острова и возникшего на нем в XIII веке монастыря неразрывно связана с противостоянием природе.
Островные монахи более других были изолированы от мира с его соблазнами и пороками. Этому способствовало не только географическое положение острова, но и строгий устав Спас-Каменного монастыря - женщинам путь на остров был закрыт. Даже бани были вынесены за его пределы на песчаные отмели. Но за «отрешенность» нужно было платить - неустанным трудом. В монастыре существовала уникальная система отопления, когда печной дым циркулировал внутри всех стен, согревая все здание. Сохранилось немало рассказов о сюрпризах, которые постоянно преподносила жителям Спас-Каменного природа. Среди них есть почти сказочные. Сообщается, что однажды льды вытеснили из воды и забросили на крышу келий огромный камень весом более пятисот пудов.
Монахи не только успешно боролись со стихией, но и помогали мирянам. В 1876 году на острове с разрешения епархиального начальства Императорским российским обществом спасения на водах была открыта первая и единственная в губернии спасательная станция. Сначала из-за недостатка средств при действующем монастыре был учрежден всего лишь предохранительный пост. На острове было установлено два маяка. Один - на крыше домика спасательной станции, другой - на крыше двухэтажного корпуса братско-настоятельских келий. Этот маяк был разрушен в 1915 году вынесенными с озера огромными льдинами, проломившими крышу. На монастырской колокольне в непогоду ударяли в колокол. Этот колокол весом в пять тонн был отлит в Санкт-Петербурге из гильз, оставшихся после войны 1812 года.
Советская власть закрыла монастырь в 1925 году. Монахов прогнали, а в жилых помещениях попытались устроить колонию для малолетних преступников, которые, правда, разбежались по осени. Кроме того, осенний пожар повредил многие здания. Разрушение монастыря закончили люди. В 1937 году ради кирпича, который нужен был для строительства местного Дома культуры, был взорван Спасо-Преображенский собор. Полученный кирпич так и не удалось использовать для строительства. В войну на острове был организован пункт по приему и переработке рыбы. До 1971 года здесь жил штатный сторож районного управления культуры. Когда должность эту сократили, остров стал пристанищем местных рыбаков и охотников. В настоящее время из монастырских построек на острове сохранилась лишь уникальная Успенская церковь-колокольня XVI века.
В 1991 году объект был включён в план реставрации. Финансирование осуществлялось в рамках российской программы «Наследие». Руководство производственными работами взял на себя вологжанин Александр Николаевич Плигин, инженер по образованию. Разрушенный монастырь начал возрождаться и восстанавливаться, во многом благодаря А.Н. Плигину, его семье и всем их добровольным помощникам.
С 1995 года остров часто посещает правящий архиерей – епископ Вологодский и Великоустюгский Максимилиан. Это стало началом духовного возрождения обители.
С середины 1999 года областная администрация вновь включила Спасо-Каменный монастырь в план реставрации. На южной стороне острова возле Успенской церкви возвели часовню «об един день» и освятили во имя всех вологодских святых.
В июле 2000 года на остров прибыла экспедиция московских реставраторов во главе с С.С. Подъяпольским. Они произвели натурные исследования и обмеры руин Преображенского храма, что стало первым шагом для составления проектно-сметной документации. Складываются реальные условия для восстановления храма.
В 2004 году А.Н. Плигин скончался. Заботы о монастыре взяла на себя его вдова Надежда Александровна Плигина.