Еврейское кладбище существует с 1875 г., когда оно было открыто как отдельный иноверческий участок Преображенского кладбища (позже - кладбище Памяти жертв 9 января). Оба кладбища разделены полотном бывшей Николаевской железной дороги, а с начала XX в. были разделены и административно. 16 февраля 1875 г., при большом стечении народа, прошло торжественное открытие Еврейского кладбища, а уже со 2 марта 1875 г. на кладбище начались регулярные погребения.
Еврейское кладбище с комплексом сооружений стало духовно-культурным центром петербургской еврейской общины. В том же 1875 г. на кладбище была открыта деревянная синагога (молитвенный дом омовения и отпевания), которую в 1912 г. сменила каменная, построенная по проекту архитектора Я.Г. Гервица (1908-1909 гг.). 23 сентября 1912 г. прошло ее освещение.
Наибольший интерес на кладбище представляют надгробные памятники дореволюционного периода. Это едва ли не единственные материальные свидетельства того типа еврейской культуры, который сложился в Петербурге во второй половинеЕврейское кладбище XIX-начале ХХ вв. На старых надгробиях прослеживается еврейская символика: Маген-Довид, благословляющие руки ааронидов, менора, свитки Торы, Скрижали Завета, Древо Плача (дерево с обрубленными ветвями), стилизованные фигуры львов (например, надгробие на могиле Льва Моносзона). Многие памятники проектировали известные архитекторы (А.В. Малов, М.Б. Кварта, Б.И. Гиршович). Погребениями по старинному обряду занималось так называемое Святое братство. Деятельность Еврейского кладбища регламентировали специальные правила. При Еврейском кладбище имелись постоянный смотритель («шамаш») и архитектор. Ежегодно в ноябре кладбищенское управление отмечало традиционный праздник Святых братств – 15 кислева.
Интересно: в религиозной еврейской литературе имеется несколько названий для кладбища: (бейт кварот) дом погребения, (бейт олам) - дом вечности (бейт хайм); дом жизни (бейт моед ле-коль хай), дом собрания всего живущего.
Так как мертвец и могила - источники ритуальной нечистоты, кладбища всегда размещали вне города. Тем не менее, это место свято, и все, что может толковаться как неуважение к усопшему, запрещено еврейским законом. В частности, на кладбище нельзя есть, пить, заниматься светскими делами. Участки под могилы отводились обычно всем одинаковые, как напоминание о том, что смерть уравнивает бедного и богатого, простолюдина и знатного. Исключение составляли знаменитые раввины, имевшие семейные склепы. Иногда такой чести удостаивались и особо уважаемые члены общины, щедрые благотворители. Самоубийц, вероотступников и людей с дурной репутацией хоронили вне кладбища или у его дальней стены. Примечательно, что давняя традиция, связанная с фундаментальным представлением иудаизма о загробной жизни, запрещает обрекать душу на одиночество, поэтому на Еврейском кладбище распространены так называемые «двойные» захоронения.
На «Коммунистической площадке» Еврейского кладбища находятся две братские могилы: моряков Балтийского флота, погибших в годы Великой Отечественной войны и ленинградцев, погибших в блокаду 1941-1944 гг.
В постсоветское время кладбище неоднократно страдало от вандализма, впрочем, как и сейчас. Так, например, в ночь на 16 октября 2005 г. было повалено и разбито не менее 50 могильных плит. Нападению в основном подверглись неогороженные участки кладбища, прилегающие к железной дороге. Позднее, около 70 надгробий подверглись нападению неизвестных, которые сняли с могил все части, сделанные из цветных металлов.
До недавнего времени кладбище было почти заброшено, выглядело запустевшим, находилось в плачевном состоянии, но сейчас ситуация меняется. Еврейская религиозная община прилагает массу усилий к тому, чтобы привести кладбище в порядок.
На Еврейском кладбище похоронены: ж/д предприниматель и общественный деятель С.С. Поляков, советский и российский драматург, сценарист и детский писатель Г.Б. Ягдфельд, издатель, востоковед и меценат барон Д.Г. Гинцбург, художник С.Л. Абугов, выдающийся скульптор М.М. Антокольский, революционерка В.К. Слуцкая, историк, литературовед и писатель М.С. Альтман, талантливый пианист А.Н. Кобылянский, коллекционер М.С. Лесман, переводчик Т.И. Сильман, архитектор М.А. Хидекель, основатель научно-методического центра по борьбе с туберкулезом, основоположник классификации хронического туберкулеза А.Я. Штернберг, этнограф Л.Я. Штернберг и др. известные деятели науки и искусства.