Панкратьевский переулок получил свое название от приходской слободской церкви Панкратия. В окрестностях ее располагалась Панкратьевская слобода, а к востоку — Новая слобода, бывшая частью Сретенской сотни, в которой после отражения польско-литовской интервенции несколько бесхозных земляных участков были отданы князю Дмитрию Пожарскому, с условием «то место велеть пахать и владеть по сей данной… покамест на тех местах жильцы будут».
Панкратьевская церковь находилась на месте двух пятиэтажных домов, построенных в 1928 — 1930-х гг. торцом к линии переулка (№ 6). Главный престол ее — Спасский, а придельный — Иоанна Предтечи и св. Панкратия, освященный в 1702 г. Церковь разрушили зимой 1929 г., так как она была, как было написано в постановлении Моссовета, «расположена в центре квартала, отведенного под рабочее строительство». Левой стороны переулка уже нет — строения здесь снесли в 1979 г. и на их месте разбили цветник. Панкратьевский переулок до революции как бы продолжал знаменитую Сухаревку — огромную толкучку около Сухаревой башни. Особенно он славился «как центровой для торговли и покупки старинных и редкостных и художественных вещей, так как почти вся правая его сторона (от Сретенки) состояла из лавочек, где шла торговля вышеуказанными вещами. Это было очень удобно и для продавца и для покупателя, — как тот, так и другой почти не возвращался из этого переулка, не продав принесенного, или не купив чего-либо.., любитель — не в той, так в другой лавке находил что-либо по своему собранию или вкусу» — это свидетельство знающего человека — Алексея Петровича Бахрушина, одного из самых известных в Москве коллекционеров, приведенное им в книге «Кто что собирает», изданной в 1916 г.