Часовня возведена в память о находившейся на этом месте церкви Николая Чудотворца, известной в Москве под названием «Никола Стрелецкий», поскольку она находилась в стрелецкой слободе и была возведена в 1682 на средства стрельцов.
Храм полностью разрушен в 1932 году под предлогом необходимости прокладки по этому месту участка Сокольнической линии метро открытым способом. Территория застроена не была.
Однако московские власти не поддержали предложение. На заседании Архитектурного совета Москвы 6 июня 2001 г. было принято решение не воссоздавать снесенную церковь. Аргументами послужили «существующая градостроительная ситуация, высокое залегание Сокольнической линии Метрополитена и большой пакет подземных коммуникаций». В случае, когда воссоздание ценных элементов затруднено, предусматривается мемориализация этих объектов (путем установки памятных знаков, стел, часовен, сигнированием мест их размещения средствами благоустройства). Так и в память о разрушенном храме было принято решение построить небольшую часовню.
Часовня церкви Николы Стрелецкого является памятником стоящего на ее месте роскошного храма.
