Николо-Перервинский монастырь был основан во времена Куликовской битвы, т.е. приблизительно в 1380-е годы. Обитель располагалась на высоком берегу Москвы-реки, откуда открывался вид на город. Название монастыря произошло от особенности местности: здесь река круто меняла свое русло, сворачивая к Коломенскому, которое находилось на противоположном берегу. Первые документальные свидетельства существования этого монастыря относятся к 1623 году – в Указе царя Михаила Федоровича упоминается старая деревянная церковь Николая Чудотворца и, обитающие в монастыре два старца.
В 1649 году на территории Николо-Перервинского монастыря возводятся две церкви: Успения Божией Матери и Николая Чудотворца и колокольней. В 1674 году здесь строится еще один каменный храм – во имя преподобного Сергия Радонежского. В эти же годы монастырю передают часовню, расположенную между Неглинскими воротами, в которой находился список иконы Иверской Божьей матери, одной из самых почитаемых в России икон.
В 1733 году при игумене Варлааме на территории обители была воздвигнута церковь Толгской иконы Божьей Матери. В 1768 году эту церковь сделали приходской, а в начале 19 века вернули монастырю.
Еще одна выдающаяся страница истории Николо-Перервинской обители связана с именем человека прекрасных качеств и праведной жизни – митрополита Московского Платона (Левшина). В 1775 году, тогда еще архиеписком Московский и Калужский, открывает в обители семинарию, впоследствии называвшуюся Платоновской. Платоновская семинария просуществовала почти 40 лет: с 1775 по 1814 годы, после чего ее сменила Московская Перервинская семинария, работавшая до 1823 года. Следующим учебным заведением, функционировавшим на территории монастыря стали Николо-Перервинское приходское и уездное училища (1823-1867 г.г.). И последним было Перервинское духовное училище, существовавшее с 1867 по 1917 год.
В декабре 1870 года по распоряжению владыки Иннокентия в одной из Патриарших келий была освящена домовая церковь во имя святого Никодима – до нашего времени она не сохранилась. Следующим событием в жизни монастыря стала закладка собора в честь Иверской иконы Божьей Матери, которая состоялась 11 июля 1904 года. По замыслу основателей храма он должен был являть собой величественное здание, воплощающее истинное торжество Православия. Спустя четыре года, 8 сентября 1908 года новый собор был освящен, и многотысячным крестным ходом из часовни через город была перенесена чудотворная Иверская икона.
В начале 20 века монастырь вел активную просветительскую и благотворительную работу, но уже близился 1917 год. После Октябрьской революции часть монастырских помещений была передана Детскому дому Управления Московской Курской железной дороги. В 1924 году на территории монастыря все еще проживали монахи. А из документов, датируемых 16 июня 1928 года, становится известно, что на то время за монастырем остались два здания, в которых оставались трое насельников (два архимандрита и регент-иеромонах). Монашеской братии уже не было, что говорит о закрытии монастыря.
13 сентября 1940 года власти приняли решение закрыть две церкви Перервинского монастыря, а здания переоснастить под клуб и дом пионеров. Иверский храм использовался в качестве склада, также в нем расположились мелкие производственные цеха.
8 января 1991 года соборный Никольский храм был передан общине Русской Православной церкви в безвозмездное бессрочное пользование, и сюда пришел настоятель протоиерей Владимир Чувикин с паствой.
В 1991 года в храм была перенесена икона Божией Матери Державная, а в октябре 1993 года весь Никольско-Перервинский монастырь был передан в безвозмездное и бессрочное владение общине Никольского собора Русской Православной Церкви. За последующие годы были проведены ремонтно-восстановительные работы, был расчищен монастырский сад. В декабре 1996 года возобновило свою деятельность духовное училище, которое в 2001 году было преобразовано в духовную семинарию. Кроме того, в монастыре работает Воскресная школа, открыты катехизаторские курсы. Летом 2000 года впервые принял детей детский православный лагерь-приют, опкрытый от монастыря под Звенигородом при храме Живоначальной Троицы.
