Название улицы произошло от протекающей в этом месте реки Неглинной.
Река Неглинная является левым притоком Москвы-реки. В XVI воды Неглинки (в просторечии) использовали в защитных целях, ими наполняли ров, проходивший вокруг кремлевских стен.
Так же в реку сбрасывались отходы, что впоследствии, из-за увеличения населения, стало большой проблемой. Зловонье исходившие от реки заражало воздух. В 1789-91 годах Императрица Екатерина II утвердила план согласно которому, реку необходимо было перенаправить, а ее русло засыпать. Что и было исполнено, в 128 метрах к востоку от русла был выстроен канал, по которому протекала обновленная река Неглинка.
А в 1974 году создали второе устье реки и расширили коллектор, который отводит воды Неглинной в Москву-реку. Сделано это было из-за того, что при паводках уровень реки поднимался на столько что затоплял подвалы близлежащих домов.
