Самый крупный остров заповедника - Великий - лежит на Полярном круге. От материка он отделен очень узкими проливами, так называемыми порогами. Поэтому Великий по своей природе практически не отличается от соседнего побережья, часть которого тоже входит в состав заповедника (Ковдский полуостров).
Эти территории заняты, в основном, хвойными лесами и заселены характерными для северной Карелии животными: лось, медведь, лисица, куница, горностай, белка, заяц-беляк; иногда появляются рысь и росомаха. Птицы - тоже типично лесные, лишь на побережье кое-где встречаются небольшие колонии чаек и крачек, гнездятся кулики-сороки и некоторые другие приморские птицы. Есть в этих местах и редкие виды (орлан-белохвост, скопа), на болотах кое-где размножаются серые журавли. В 1977 г. в состав заповедника была включена южная оконечность Турьего мыса.
На Белом море - крупный, но немногочисленный морской заяц и более мелкая кольчатая нерпа, которая иногда скашивается в водах заповедника в довольно больших количествах. На Мурмане эти животные встречаются реже, зато здесь обитает серый, или горбатый, тюлень, по-местному – тевяк или жировец. Научные сотрудники Кандалакшского заповедника постоянно наблюдают за состоянием природных комплексов, учитывают численность животных в заповеднике и за его пределами, кольцуют птиц, выясняют особенности их биологии, устанавливают факторы, определяющие колебания их численности, следят за естественными изменениями растительного покрова островов, состоянием биоценозов адрскогодна.