Во второй половине XVII века большая часть Измайлово, в том числе долина речки Серебрянки, принядлежала царскому двору. Здесь выращивали злаки, овощи, приправы, лекарственные травы. Были даже теплицы с арбузами и дынями. В садах росли и давали урожай фруктовые деревья.
В царской усадьбе располагались зверинец, мельницы, скотные дворы, птичники, пасеки, пруды, винокурни, кирпичные заводы и даже один стекольный. В царском хозяйстве проводились смелые опыты по селекции культурных растений, так что допетровская Московская Русь вовсе не была темной, неграмотной и забитой, хотя на Западе имеется такой стереотип.
В 70-е годы XVII века в Измайлово одновременно с Мостовой башней строится Покровский собор. Руководил работами думный дворянин Артамон Сергеевич Матвеев. За образец был взят четырехстолпный Покровский собор в Александровской слободе. Однако в процессе строительства собор был сильно изменен. Одно из самых главных отличий – пять глав вместо четырех. Высота Покровского собора составляет 57 м.
Собор украшен рельефными изразцами, выполненными мастерами – выходцами из Белоруссии – Игнатом Максимовым и Степаном Ивановым (Полубесом). Отдельные элементы орнамента называются «павлиний хвост», «павлинье око», «репьи».
Рапорт орнамента напоминает рисунок в виде глаза на конце хвоста павлина или бутон репейника. Такие рисунки распространены на церковных изразцах XVII века.
В 1839 году Покровский собор сильно пострадал: на его северном и южном фасадах разобрали два высоких крыльца и к стенам вплотную были пристроены два корпуса богадельни; еще один корпус выстроен у алтаря собора. В XX веке утрачено внутреннее убранство храма: от его иконостаса уцелели лишь десять сильно поврежденных икон из пророческого и праотеческого рядов.
Общий архитектурный замысел Измайловского Государева двора принадлежал царю Алексею Михайловичу. Закрытый, прямоугольный в плане двор размещается к западу от Покровского собора.
В его юго-западной части предполагалось выстроить деревянный дворец с каменной домовой церковью, а по периметру каре расположить каменные служебные постройки, однако этот проект не был осуществлен.
Как сообщают письменные источники, двухэтажный дворец рубили “из муромского красного брусья в ус”. Несколько отдельно стоящих клетей были соединены сенями и переходами. В 1687 году была сделана одна из первых подробных описей села Измайлова. В это время дворец состоял из хором царей Ивана и Петра Алексеевичей, столовой палаты, “двойни” царевны Софьи, “четверни” царицы Натальи Кирилловны и “семерни” царевен.
В XVII дворец поражал оригинальностью и новизной, изысканностью белокаменного убранства. И.А.Бунин писал о нем: “храм Иоасафа, нежно сиявший в небе среди голых деревьев позолотой, узорами, зеленью глав, в небе, которое было особенно прекрасно от кое-где стоявших синих и лазурных уголков”.
К сожалению, церковь Иосаафа разрушена в годы советской власти.
Государев двор занимал всю центральную часть Острова. Каменная ограда с парадными Передними и Задними воротами и службы по периметру двора были построены в 1682— 1683 годах.
До наших дней сохранились парадные Передние и Задние ворота с шатровыми башенками.
25 февраля 1700 года дворец в Измайлове горел и в 1702 году был отстроен почти заново.
Архитектура ворот производит двойственное впечатление. В решении первого яруса ощутимо влияние западноевропейской архитектуры барокко. Архитектурное решение второго яруса архаично. Строго по центру ворот поставлен восьмерик, завершенный шатром с окнами-слухами. Форма граненых восьмерика и шатра, треугольные наличники окон полностью принадлежат старомосковскому зодчеству. Это говорит о том, что процесс освоения европейских традиций уже был запущен при царе Алексее Михайловиче.
После смерти царя Алексея Михайловича Измайлово становится обычной загородной резиденцией, и все огромное царское хозяйство стало никому не нужным.
Однако в мае 1688 г. в амбаре на Измайловском льняном дворе Петр, которому в ту пору было шестнадцать лет, нашел старый английский ботик своего деда, Никиты Ивановича Романова, на котором позже изучал искусство мореплавания.
Позже Петр I повелел именовать Измайлово «Колыбелью российского флота», а сам ботик – “дедушкой российского флота”.
