Заповедник Большая Кокша́га - заповедник (особо охраняемая природная территория) на территории респ. Марий Эл, Россия.
Находится в среднем течении одноимённой реки, несколько выше пос. Старожильск по течению, в 40 км от Йошкар-Олы.
Площадь 21,4 тыс. га.
Ранее по территории заповедника проходила ж/д линия Нолька — Новый Цинглок, но она была разобрана в 90-х годах.
Основан в 1993 г. Ранее в этой природной зоне в Марий Эл был заповедник Марийский, но его территория полностью выгорела в пожарах 1972 года.
По территории заповедника протекает реки Большая Кокшага, Шеженер, Витьюм, Шамка, Арья. Есть озеро Шушер.
В рельефе — дюнно-бугристые и пологоволнистые, слаборасчленные равнины поймы Б. Кокшаги грядово-западинная, заболоченная со старицами, прирусловыми валами и останцами надпойменной террасы.
Распространены сосновые леса (лишайниковые, долгомошные, черничные, сфагновые). Значительные площади заняты березняками. Вдоль Б.Кокшаги — дубово-липовые леса с вязом. Встречаются черноольшаники. Болота в основном переходные. Флора насчитывает свыше 600 видов растений.
Животные — типичные лесные: многочисленны лось, заяц-беляк, белка, обитает кабан, из хищников встречаются куница, ласка, хорь, волк. Есть бурый медведь. Более 100 видов птиц. Обычны глухарь и тетерев. Гнездятся перелетные (кряква, чирки свистунок и трескунок, серый журавль, серая цапля) и хищные (ястреб-тетеревятник, ястреб -перепелятник) птицы. Из редких птиц, включенных в «Красную книгу России», гнездится скопа. В водоемах — щука, окунь речной, плотва, карась, линь и др.
