Музей фресок Дионисия размещается в архитектурном ансамбле памятников Ферапонтова монастыря XV-XIX вв. в селе Ферапонтове.
Ферапонтов монастырь основан в 1398 г. преподобным Ферапонтом. Около 400 лет он был одним из видных культурных и религиозных просветительных центров в Белозерском крае. История монастыря в некоторых узловых моментах соприкасается с важными историческими событиями эпохи становления Русского централизованного государства. Широкую известность обитель приобрела благодаря деятельности учению Кирилла Белозерского, преподобного Мартиниана.
Формирование каменного ансамбля Ферапонтова монастыря XV-XVH вв. началось в 1490 г. с постройки ростовскими мастерами первого каменного храма Белозерья - собора Рождества Богородицы. Из шести сохранившихся каменных построек Ферапонтова монастыря собор имеет особую значимость. Согласно тексту летописи на откосе северной двери он расписан Дионисием и его сыновьями с 6 августа по 8 сентября 1502 г. Это единственная сохранившаяся роспись выдающегося древнерусского художника Дионисия, прямого наследника Андрея Рублева и последнего представителя русского национального искусства в период его расцвета и становления единого русского государства.
После разрушения немецкими фашистами в годы Второй мировой войны прославленных стенных росписей XII-XV вв. в Новгороде (Нередица, Волотово, Ковалеве, Сковородка) фрески Дионисия остались единственным полностью уцелевшим ансамблем фресок Древней Руси. Их ценность тем более велика, что они не подвергались позднейшим поновлениям и расчисткам и сохранили свою неповторимую красоту, цвет, фактуру.
Площадь стенописи собора 600 кв.м. Она является единственной документально подтвержденной росписью мастера. Индивидуальность настенной живописи Дионисия - в необыкновенном тональном богатстве мягких цветов, ритмической гармонии многочисленных сюжетов в сочетании с архитектурными членениями собора. Особенности взаимосвязи между сюжетными циклами (Акафист Богородице, Вселенские соборы, Страшный суд и другие) и отдельными композициями как внутри собора, так и снаружи, колористическое многообразие и философская глубина определяют значение стенописи собора Рождества Богородицы для мировой культуры как выдающегося памятника русского искусства и культуры, особо значимого уникального художественного достижения. Среди памятников православного круга стенопись собора выделяет полная сохранность никогда не поновлявшейся авторской живописи.
XVI век - период расцвета монастыря. Об этом свидетельствуют сохранившиеся вкладные и жалованные грамоты светских и духовных властей, прежде всего Ивана IV. В монастырь на богомолье приезжают Василий III и Елена Глинская, Иван IV. Вкладная книга монастыря, начатая в 1534 г., называет среди вкладчиков князей Старицких, Кубенских, Лыковых, Вельских, Шуйских, Воротынских, Годуновых, Шереметевых и других. Здесь же упоминаются владыки Сибирские, Ростовские, Вологодские, Белозерские, Новгородские. В XVI в. в монастыре строятся монументальные церковь Благовещения с трапезной, казенная палата, служебные постройки -каменное сушило, гоственная и поваренная палаты.
Ферапонтов монастырь был одним из богатейших вотчинником Белозерья. Ему в начале XVII в. принадлежали несколько сел, около 60 деревень, 100 пустошей, более 300 крестьян.
Придя в упадок, он был закрыт в 1798 г. и обращен в приходскую церковь. В начале XX в. монастырь приобретает известность и привлекает внимание любителей отечественной старины, как памятник древнерусского зодчества с единственной в России росписью, исполненной московским иконником Дионисием. В 1904 г. монастырь был возобновлен как женский, закрыт вновь в 1924.
В сочетании с мало изменившейся природной средой, Ферапонтов монастырь уже в начале XX в. стал привлекать внимание архитекторов, художников, ученых, музейных деятелей, всех любителей старины. Книга почетных посетителей Ферапонтова, начатая в 1911 г., фиксирует посещения и впечатления многих известных лиц: автора первой монографии по истории Ферапонтова и его окрестностей, местного уроженца И.И. Бриллиантова, автора первой монографии о фресках Дионисия В.Т. георгиевского, художников А. Маковского, Н. Тырсы, К. Петрова-Водкина, Л. Стеллецкого, реставраторов и ученых И. Грабаря, А. Анисимова, Г. Чирикова, В. Лазарева, М. Алпатова, И. Даниловой, духовных лиц, начиная с просвещенного новгородского архиепископа Арсения Стадницкого и кончая здравствующим святейшим патриархом Московским и всея Руси Алексием II.
Многочисленные отечественные и иностранные туристы, посещающие Ферапонтов монастырь с 1920-х годов, восхищаясь природой и художественными памятниками Ферапонтова, постоянно выражают мысль о необходимости сохранения его как уникального памятника русской и мировой культуры.
В 2002 году ансамбль Ферапонтова монастыря с росписями Дионисия включен в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
