Музей сокровищ базилики святого Франциска размещается в базилике святого Франциска, находящейся на улице via San Francesco, примерно в 1 км на северо-запад от кафедрального собора Ассизи. Вход в музей расположен во дворе, в который можно попасть из Нижней церкви.
В 1253 году папской буллой Иннокентия IV миноритам было запрещено отчуждать или уничтожать ювелирной работы церковную утварь, книги и торжественные церковные облачения. Веками сокровища базилики хранились в секретном помещении в основании колокольни. До нашего времени дошли несколько инвентарных списков (самый ранний датируется 1338 годом), демонстрирующих увеличение количества ценных предметов. Не всем сокровищам было суждено сохраниться. Так, например, Наполеон вывез из францисканской сокровищницы более 420 кг драгоценных металлов.
В 1955 году американским историком Мэсоном Перкинсом (1874-1955) епархии было передано собрание картин итальянских художников и некоторые другие произведения искусства. Часть этой коллекции, насчитывающая 57 картин, с 1986 года выставляется в Музее сокровищ базилики святого Франциска. Другую часть коллекции Перкинса можно видеть в Епархиальном музее.
Музей насчитывает более 100 экспонатов – ювелирные изделия, скульптура, живопись, гобелены и т.д. Экспонаты выставлены в двух залах. В первом зале представлены предметы из сокровищницы базилики. Во втором зале выставлены картины из коллекции Перкинса.
В сокровищнице следует обратить внимание на следующие экспонаты: «Святой Франциск и четыре чуда» (13 век, Мастер сокровищницы святого Франциска), раскрашенный крест (13 век, Мастер синих распятий), реликварий камня Гроба Господня (13 век), набросок фрески «Лик Предвечного Отца» (до 1288, приписывается Якопо Торрити), набросок фрески «Святой Мартин разрезает плащ» (около 1317 года, Симоне Мартини). Интерес представляют также статуя Богоматери с младенцем (начало 14 века, французская школа), хоругвь (около 1427 года), «Богоматерь с младенцем и святыми» (1516, Джованни ди Пьетро, по прозванию Ло Спанья), требник святого Людовика (начало 14 века), реликварий (13 век, парижская школа), алтарная завеса Сикста IV (15 век).
В зале, где выставлены картины из собрания Перкинса, можно отметить: «Богоматерь с младенцем» (около 1340 года, Пьетро Лоренцетти), «Святой Бернардин» (около 1460 года, Сано ди Пьетро), «Святой Христофор» (около 1440 года, Сассетта), триптих работы Джентиле да Фабриано (вторая половина 15 века), «Богоматерь с младенцем» (первое десятилетие 16 века, Гарофало), «Младенец Иисус» (вторая половина 15 века). В коллекции много старинных изображений Богородицы: «Богоматерь с младенцем и святыми» (14 век, венецианская школа), «Богоматерь Смирения» (14 век, Джованни ди Никола да Пиза), «Богоматерь с младенцем» (14 век, неизвестный автор), «Богоматерь с младенцем и почитателями» (15 век, неизвестный автор), «Богоматерь с младенцем и двумя ангелами» (около 1423 года, Лоренцо Монако). Примечательны также картины: «Святая Маргарита Антиохийская» (14 век, Пьетро Лоренцетти), «Святой Лаврентий» (14-15 век, Мастер резвого младенца), «Святой апостол Павел» (15 век).
