В погребальных катакомбах монастыря капуцинов в Палермо, покоятся останки более восьми тысяч человек. Тела практически не разложились - этому способствует специфика атмосферы и почв, в силу которой погребенные покоятся в открытом виде. В основном, здесь погребены представители местной элиты.
История музея тесно связана с историей монастыря. К концу XVI века значительно увеличилось число насельников монастыря капуцинов, и само собой, остро встала проблема оборудовать достойное и вместительное монастырское кладбище. И было решено приспособить для этой цели крипту, расположенную под одним из монастырских храмов. Постепенно сюда перенесли останки нескольких монахов, скончавшихся ранее. Постепенно в крипте закончилось свободное пространство, и капуцины начали рыть длинный коридор. В этом коридоре вплоть до 1871 года помещались тела скончавшихся монахов. Однако многочисленные благотворители монастыря тоже изъявляли желание быть погребенными в монастырских Катакомбах. Чтобы обеспечить возможность их захоронения, монахи выкопали несколько дополнительных коридоров и кубикул. Последнее пристанище здесь нашли представители духовенства, аристократии и различных профессий.