Церковь святого Франциска находится на площади Piazza San Francesco, за пределами римских стен, но на территории крайней восточной части исторического центра Лукки, примерно в 1 км на северо-восток от Кафедрального собора.
Францисканцы появились в Лукке в 1228 году и почти сразу стали одним из важнейших религиозных орденов в городе. Сначала резиденцией францисканцев была церковь святой Марии Магдалины, но ещё в 13 веке они начали работы по перестройке и расширению монастырского комплекса с новой большой церковью. Комплекс расположился в восточной части города, за римскими городскими стенами. Вокруг новой церкви, посвящённой святому Франциску, вырос целый монастырский комплекс с тремя дворами, отдельно стоящей капеллой святого Франческетто (1309) и другими постройками. Строительство церкви было завершено в начале 15 века возведением трёх капелл алтарной части (считается, что их повелел возвести синьор Лукки Паоло Гуиниджи). При Наполеоне монастырь был распущен, затем церковь вновь была передана францисканцам. В 1844 году здание было отреставрировано, но впоследствии, в 1868 году, оно было отдано под военный склад. В 1901 году церковь была выкуплена городом. В 1910 году она была вновь открыта для проведения богослужений. Облицовка известняком верхней части здания была выполнена в 1930 году.
Внутреннее пространство состоит из одного широкого зала, перекрытия над которым выполнены в виде фермы. В алтарной части размещены три капеллы, над ними поднимается крестообразный свод. Декоративных элементов внутри церкви немного. Многие предметы и картины в 19 веке были конфискованы, некоторые из них находятся в музеях Лукки. Тем не менее, в церкви сохранились фрески флорентийской школы (15 век) и надгробные памятники. Следует отметить надгробие Риччарди, памятник Гвидиччони дель Чивитали (16 век), остатки от надгробного памятника Уголино Висконти (1288).