Городской музей размещается во Дворце коммуны, в самом центре Пистойи, на Соборной площади.
Дворец Коммуны, называемый также Дворцом старейшин или дворцом Джано (народная легенда приписывает строительство здания градоправителю Джано делла Белла), был возведён в конце 13 века. В последующие века здание неоднократно расширялось, надстраивалось и перестраивалось. Официально решение о размещении во дворце Городского музея было принято в 1912 году, хотя коллекции музея начали складываться ещё в 19 веке. Основой музейного собрания стали коллекции организаций (например, Академии наук и искусств), частных лиц (коллекции Никколо Пуччини и др.), а также произведения искусств из упразднённых религиозных учреждений. Торжественное открытие музея состоялось в 1922 году.
Экспозиция первого этажа музея охватывает период с 13 по 16 века. В зале, где представлены произведения 16 века, следует обратить внимание на «Богоматерь в беседке» кисти Бернардино Детти, прозванного Синьораччо. Там же можно видеть работы Джерино Джерини и Фра Паолино.
На втором этаже представлены произведения искусства 17-18 веков. Здесь можно видеть работы таких мастеров, как: Джованни да Сан-Джованни, Чекко Браво и Алессио Джиминьяни, Пьетро Дандини.
В здании музея также размещается центр, посвящённый архитектору Джованни Микелуччи (1891-1990).