Епархиальный музей и крипта святого Руфина – музейный комплекс в Ассизи. Он расположен в подземных помещениях Кафедрального собора и Дворца каноников, на площади piazza San Rufino.
Музей был основан в 1941 году епископом Джузеппе Плачидо Николини. Сначала он занимал нижний этаж приходского дома, примыкающего к собору. Вся экспонаты музея занимали тогда всего лишь четыре комнаты, ещё имелся исторический архив. Музей не был открыт для широкой публики.
В археологической секции музея представлены археологические находки (например, фрагменты саркофага 2 века), сделанные в окрестностях piazza San Rufino.
В разделе, посвящённом собору, выставлены отделённые от стен фрески (13 век, «Эпизоды из жития Иисуса Христа»); полиптих «Святой Руфин» (1462, Никколо Алунно); деревянный реликварий (15 век); работы Доно Дони (1563); различная церковная утварь и предметы культа 17-19 веков.
В секции, размещённой в трёхнефной романской крипте собора (11 век), можно видеть фрески «Символы евангелистов» (11 век), «Богоматерь» (12 век). Там же хранится римский саркофаг 3 века и остатки римской стены.
Ещё один отдел музея помещён во внутреннем дворе (11 век), в центре которого расположен колодец римского периода. Здесь же выставлены капители колонн, происходящие из церкви 8-12 века, которая предшествовала собору.
В епархиальной секции собраны произведения искусства из различных зданий епархии. Интерес представляют такие работы, как: «Богоматерь розария» (1581, Лоренцо Дони), «Умирающий святой Франциск благословляет Ассизи» (1640, Чезаре Сермеи).
В секции братств собраны хоругви и предметы культа (14-17 веков), происходящие из капелл различных религиозных братств, существовавших в Ассизи. Представлены также фрески, например: «Страсти Христовы» (1348, Пуччо Капанна), «Богоматерь с младенцем и святыми» (1475, Маттео да Гуальдо).
В секции Перкинса, названной по имени американского историка, завещавшего епархии свою коллекцию, выставлены картины итальянских художников 13-17 веков, среди которых: Дуччо ди Буонинсенья, Джованни Боккати, Филиппо Липпи, Франческо ди Джорджо Мартини, Джованни Санти, Юстус Сустерманс. В этой же секции можно видеть деревянную скульптуру работы великого мастера позднеготической эпохи Якопо делла Кверча.