Одной из уникальных достопримечательностей Матеры являются подземные церкви Сасси. Они расположены как в черте старого города, так и за его пределами и представляют собой важные архитектурные памятники, которые заключают в себе множество ценнейших средневековых фресок. Церкви Сасси находятся под защитой ЮНЕСКО.
В северо-западном районе Сасси, носящем название Сассо Баризано, расположена церковь святого Петра Баризано (Chiesa di San Pietro Barisano) – один из замечательных примеров средневековой религиозной архитектуры этого города. Фасад церкви выложен из туфовых пород, а интерьер является фактически пещерой в скале. Церковь была сооружена около 10 века, но нынешний фасад был достроен лишь в середине 18 века, когда вся церковь была несколько реконструирована. Фасад состоит из трех порталов с архитравами, двумя овальными окнами и необычной четырехлепестковой розы. Колокольня находится поодаль от церкви, высясь на естественной каменной возвышенности. Ее башня состоит из двух этажей, разделенных террасой с балюстрадой, украшенной рустом, и завершается шпилем. Внутреннее помещение церкви образуют три нефа, разделенных вырубленными в скале пилястрами. Алтари капелл были вырезаны из той же скалы и составляют неотделимую часть монолитной архитектуры интерьера. Только большой алтарь был выполнен из дерева в 18 веке. В правой стене возле первого алтаря виднеется полость, выдолбленная в 15 веке, в которой в 18 веке было осуществлено массовое захоронение. Оно было обнаружено при недавних реставрациях: когда отсюда извлекли массу человеческих останков, обнаружились хорошо сохранившиеся фрески предренессансного периода, изображающие святых. Стоит, также, обратить внимание на второй алтарь левого нефа, который содержит скульптурную группу, изображающую Благовещение. В третьем алтаре, украшенном скульптурами и фресками 17-18 веков, хранится чудом уцелевшее после пожара средневековое деревянное Распятие. Из ризницы можно попасть в крипту, где тоже недавно были обнаружены фрески. В церкви святого Петра Баризано часто проводят музыкальные концерты.
Рядом с лестницей, ведущей в церковь Богоматери Одигитрии, находится храм святой Луции на мальве (Chiesa Santa Lucia alle Malve). Здесь находилась первая бенедиктинская лавра с отдельными монашескими кельями, вырубленными в каменной глыбе. Интерьер церкви делится на три нефа, в правом нефе все еще проводят службы. Пилястры, разделяющие неф датируются 8 веком. На стенах – множество фресок 12 века, среди которых Богоматерь Млекопитальница (левая стена). Над церковью расположен некрополь с захоронениями в углублениях над сводами.
Интерес представляет одна из многочисленных подземных церквушек Сасси – крипта Первородного греха (Cripta del Peccato Originale). Она находится под виноградником у долины реки Гравина. Крипта представляет собой довольно простое помещение, сооруженное в пещере, которое в средние века использовалось бенедиктинскими монахами в качестве оратории. Основную ценность этой крипты представляют уникальные по своей сохранности и художественной ценности росписи 9 века. Представленные в ней фрески отличаются необычными композициями фигур, экспрессией цвета, и редкими для того времени сюжетами. Здесь можно видеть и большие изображения сцен из Книги Бытия («Искушение Евы», «Свет и Тьма», «Ева с запретным плодом», «Создание человека» на правой стене), предназначавшиеся для прихожан, и великолепно выполненные вотивные образы (царственная Богоматерь с Младенцем и фигуры ангелов и святых). Особый интерес представляют фрески в глубине крипты, изображающие торжественно одетого епископа, который принимает воду у дьякона.
Интересно также посетить церковь Богоматери Добродетели (Chiesa di Madonna delle Virtù), которая составляет часть монастырского комплекса, восходящего к 9 веку. Как и многие другие церкви Сасси, она вырублена в скале. Ее три нефа поддерживают пилястры, переходящие в ребристые своды, в центре – купол с рельефно выполненным греческим крестом, а завершают зал церкви три полукруглые апсиды. Церковь расписана фресками, правда, они имеют плохую сохранность. В начале правого нефа можно разглядеть готическое изображение Распятия 14-15 века и еще одно 18 века – в апсиде. Над церковью расположен другой храм – церковь Николая Чудотворца (Chiesa di San Nicola dei Greci). В летние время помещения обеих этих церквей используют для проведения выставок современного искусства.
Большой интерес с архитектурной точки зрения представляет церковь святой Варвары (Chiesa di Santa Barbara), целиком вырубленная в скалах Сасси в 9-10 веках. Церковь небольшая, интерьер ее состоит из одного нефа, но внимание привлекают прихотливый архитектурный декор: колонны, пилястры, капители, полукруглые арки, образующие галерею, идущую вдоль стен церкви. Все это вырезано из монолитной скалы. Основной зал церкви отделен от пресвитерия каменным иконостасом фресками - иконами. Церковь является частной собственностью, но туда можно попасть с гидом.
В самой восточной части города расположен масштабный монастырский комплекс святого Антония (Complesso del Convicinio di Sant’Antonio), состоящий из множества подземных церквей, сооруженных в средние века и приспособленных под монастырские кельи в 19 веке. Вход в него осуществляется через красиво декорированный портал. К особо интересным помещениям комплекса относятся так называемая «Крипта прошедшего времени» с ребристыми шатровыми сводами, церковь святого Элигия с интересным архитектурным декором и фрагментами фресок, церковь святого Доната, квадратная в плане и с декорированным куполом в пресвитерии. В более крупную трехнефную церковь святого Антония ведет портик. Здесь можно увидеть интересные фрески, включая Мадонну Пиччано – покровительницу земледелия.
Множество подобных церквей находится за чертой города в ущелье реки Градина – местности, которая отделяет сельские районы от города. Места для молитв и отправления религиозного культа здесь часто создавались с минимальными затратами – лишь иногда к церкви пристраивался наземный фасад, а чаще ограничивались лишь сооружением небольшого внутреннего помещения. Церкви в основным были однонефные, завершающиеся апсидой. В некоторых случаях достраивался маленький трансепт. Среди наиболее интересных загородных церквей можно отметить церковь Богоматери Ангелов (Chiesa di Madonna degli Angeli), зал которой демонстрирует очень точную технику резьбы, а стены украшены фресками. Церковь Богоматери Обездоленных (Chiesa di Madonna dei Derelitti) содержит очень элегантный каменный фасад. В старой церкви капуцинов (Chiesa di Cappuccino Vecchio) архитектурные возможности местных строителей представлены во всем блеске: церковь поражает изысканностью и элегантностью своих двух нефов. Особо выделяется трехнефная церковь Богоматери трех дверей (Chiesa di Madonna delle Tre porte), стены которой сохраняют множество росписей.