Церковь святой Софии расположена в восточной части исторического центра города, на площади Маттеотти (Piazza Matteotti). Площадь находится в 600 м к юго-востоку от кафедрального собора, откуда к ней ведет проспект Джузеппе Гарибальди (Corso Giuseppe Garibaldi).
Церковь была заложена лангобардским герцогом Арехисом II в 760 году рядом с бенедиктинским аббатством и закончена уже в 762 году. После победы Карла Великого над лангобардами в 774 году, и их бегства на юг Италии, церковь становится главным храмом лангобардов и посвящается святой Софии (Мудрости) по аналогии с собором святой Софии в Константинополе. В эти же годы рядом сооружается женский бенедиктинский монастырь, а в церковь переносятся мощи святого Меркурия. Аббатство святой Софии было одним из самых богатых и могущественных в средневековой Италии, его скрипторий был известен всей Европе, здесь бывал Павел Диакон.
Здание церкви небольшое, всего 23,5 м в диаметре, и очень необычно: подобных ему не существует. В плане церковь представляет звезду с тремя апсидами и полукругом входа. Центральная часть образована 6 колоннами, вероятно оставшимися от расположенного поблизости римского храма Исиды. Они соединены арками и поддерживают шестиугольное основание купола. Второе кольцо состоит из 10 колонн, в свою очередь соединенных арками и купольными сводами неправильной формы с внутренним шестиугольником и внешними стенами. Самой заметной деталью барочного портика является расположенный над входом барельеф 13 века. В центре изображен Иисус, справа Дева Мария, а слева святой Меркурий и монах, преклонивший пред ним колена.
Первоначально стены и купола церкви были полностью покрыты фресками. Сейчас некоторые их них можно увидеть в апсидах, на одной из колонн и стенах. Лучше всего сохранились фрески, изображающие святого Захария, из цикла Иоанна Крестителя в левой апсиде и сцена встречи Марии и Елизаветы – в правой.
В 2008 в числе других памятников искусства лангобардов комплекс зданий святой Софии был внесен в перечень объектов всемирного наследия ЮНЕСКО. В настоящее время в церкви святой Софии, как и в других зданиях комплекса, находится музей Самния.