Церковь святого Стефана находится на площади Кавальери (описание) в 500 метрах на юго-запад от площади Чудес. Первый камень церкви был заложен в 1565 году эрцгерцогом Козимо I Медичи, который решил превратить площадь в место размещения ордена святого Стефана. Архитектором церкви был Джорджио Вазари – итальянский архитектор и живописец, который больше всего прославился как историк искусства. Для строительства новой церкви Вазари разрушил старую романскую церковь святого Себастьяна, находившуюся на этом месте. Колокольня была достроена в 1572 году по рисунку Вазари уже другим архитектором. В следующем веке церковь была обильно декорирована произведениями искусства, многие из которых сохранились и по сей день. В конце 17 века к церкви пристроили два дополнительных крыла, которые использовались для бытовых нужд членами ордена святого Стефана. В середине 19 века, после роспуска ордена была осуществлена небольшая реконструкция храма: были сооружены два зала сходных по структуре с нефом в двух прилегающих корпусах.
В настоящий момент церковь представляет собой почти квадратное в плане строение с единственным нефом, квадратными хорами и алтарями, размещенными по сторонам. Фасад был осуществлен по рисунку сына Козимо I Джованни де Медичи, при содействии тосканского архитектора Алессандро Пьерони. Структура фасада включает в себя полуколонны с пилястрами, придающие ей правильное геометрическое членение и пониженную арку, накрывающую портал. В самом центре фасада расположен массивный герб Медичи, а выше – в тимпане – герб ордена святого Стефана. Боковые пристройки были оштукатурены и умеренно декорированы в 1934 году.