Неподалеку от Палаццо Те (200 м к северу), примерно в 1 км в юго-западу от Палаццо Дукале, находится церковь святого Себастьяна.
Церковь построена по проекту великого архитектора Леона Батиста Альберти (1460) и закончена его учеником Лукой Фанчелли. Посвящена церковь была в 1529 году, и уже в 1600 перенесла первую реставрацию. С 1706 года церковь (прежде всего крипта) вместе с близлежащим монастырем сначала использовалась как военный склад, далее – как казармы и зернохранилище. В 1925 году церковь был отреставрирована и превращена в мавзолей памяти павших в первой мировой войне.
В плане церковь представляет собой греческий крест, сохранился алтарь 16 века с четырьмя колоннами тосканского ордера. Барельефы, другие мраморные украшения церкви и прекрасные фрески (в частности, работы Мантенья) были утеряны.