Церковь святого Франциска расположена в 150 м к северо-востоку от Кафедрального собора, на площади Piazza Dogana.
Церковь была построена после приезда в Беневенто в 1222 году святого Франциска Ассизского. При строительстве францисканского монастыря используется здание церкви святого Констанция 10-11 веков, дарованное монахам богатыми жителями города в 1243 году. В 1601 году завершены два внутренних дворика монастыря – квадратный и прямоугольный. После землетрясения 1702 года церковь пострадала незначительно: приходится восстановить лишь апсиду. В 1865 году монастырь и церковь превращают в казарму. Реставрация комплекса начинается лишь в 1959 году, и в 1968 монастырь и церковь вновь открыты.