Церковь святого Франциска Ассизского находится в 250 метрах на юго-запад от кафедрального собора. Церковь была построена в 13 веке, но от первоначального задания осталась только звонница, расположенная напротив фасада. Уже в 14 веке храм существенно перестроили, но самые значительные изменения он претерпел в 17 веке, когда примыкавший к нему монастырь переживал период расцвета, превратившись в один из интеллектуальных центров региона. В 18 веке фасад был перестроен в стиле позднего барокко. На фасаде выделяются четыре пилястры и окна, украшенные витиеватым узором. На двух крайних пилястрах стоят фигуры святых Франциска и Антония, а в нише тимпана, венчающего фасад, установлена статуя Богоматери непрочного зачатия, которую окружают ангелы, поддерживающие драпировки.
План церкви имеет форму латинского креста. Между 15 - 16 веками здесь были сооружены боковые капеллы, в которых захоронены знатные жители Матеры того времени. Слева от входа можно видеть кропильницу, созданную в 12 веке и дополненную в 15 веке. Дальше идет капелла, посвященная святому Франциску со скульптурными и живописными изображениями святого. Последняя капелла слева посвящена Распятому Иисусу и украшена картиной «Се, человек» (Ecce Homo) 17 века. Справа от входа расположена кропильница 13 века, а за ней капелла Богоматери Ангелов, на алтаре которой – Распятие из папье-маше работы современного матерского скульптора. Алтарь следующей капеллы содержит деревянную позолоченную статую святого Антония Падуанского работы апулийского мастера 16 века. Справа – саркофаг с телом матерского медика 16 века. Между второй и третьей капеллами установлена деревянная кафедра 17 века. Рядом с последней капеллой стоит погребальный монумент 19 века. На восточной стене церкви выступает орган 16 века, а под ним – великолепный полиптих известного венецианского живописца Лаццаро Бастиано (16 век), на девяти панелях которого изображены различные религиозные сюжеты.