Церковь святого Андрея находится в 100 метрах на северо-запад от церкви святого Франциска. Это одна из немногих церквей с куполом в Апулии, сохранивших свою первоначальную архитектурную структуру.
Церковь была возведена в 11 веке и до 1644 года принадлежала греческим монахам. Ее архитектурный массив близок по форме к кубу, а план имеет форму греческого креста, воспроизводя византийские образцы. Первоначальный фасад церкви не сохранился, то что можно видеть сегодня (фасад, выходящий на улицу via Mario Pagano) относится к более поздней эпохе. К порталу подводит двойная лестница, а с левой стороны фасад венчает небольшая звонница.
Внутри церковь разделена на три нефа четырьмя колоннами, взятыми от раннего сооружения. Нефы завершены маленькими апсидами. В середине центрального нефа – полусферический купол, опирающийся на колонны. В церкви хранится серебряный футляр, в который помещены остатки жареной гостии – освященного хлебца, с которым связывается легенда о Евхаристии. Легенда повествует о том, что в начале 11 века одна еврейка украла евхаристический хлеб и принесла его домой, желая проверить присутствие в нем тела Христова. Женщина поместила хлебец в кипящее масло, и в тот же момент он превратился в мясо и стал обильно кровоточить. С тех пор каждый год во время Страстной недели в Трани проходит покаянная процессия в память о совершенном святотатстве. Легенда была изображена выдающимся художником 15 века Паоло Уччелло на шести картинах, которые сейчас хранятся в пинакотеке в Урбино.