Большая церковь Богоматери находится на площади piazza del Vescovado, приблизительно в 200 м на юго-запад от Кафедрального собора Ассизи.
В римскую эпоху на месте нынешней церкви был храм, посвящённый Аполлону. Затем на его месте была возведена раннехристианская церковь. Нынешнее здание церкви было построено в 10 веке. До 1036 года в этой церкви размещался кафедральный собор Ассизи. В 12 веке церковь была перестроена. Сохранилась надпись на фасаде, указывающая дату – 1163 год, и на розетке, датируемой 1162 годом, - имя мастера – Johannes (исследователи допускают, что это тот же мастер, который перестраивал собор святого Руфина – Джованни да Губбио). В 14 веке была возведена колокольная башня в романско-готическом стиле.
Внутреннее пространство церкви разделено на три нефа. В нефах, апсиде и ризнице можно видеть фрагменты фресок 14-15 веков: «Оплакивание Христа» приписывается художнику Тиберио дАссизи, некоторые фрески считаются работами Паче ди Бартоло. Как предполагают специалисты, церковь когда-то была полностью покрыта фресками. Справа от входа находится саркофаг 9 века.
Под алтарной частью церкви расположена крипта. В крипте можно видеть остатки раннехристианской церкви и романских структур: стены, капители колонн. Из крипты ведёт подземный коридор, в котором можно видеть остатки римского дома, так называемого дома Проперция, с декорированными в помпейском стиле стенами и полами.
В саду, примыкающем к церкви, следует обратить внимание на хорошо сохранившиеся остатки городской стены, вне которой когда-то располагалось здание. Справа от церкви находится Епископский дворец. Несмотря на то, что функции собора были переданы храму, посвящённому святому Руфину, Епископский дворец так и остался рядом с церковью Богоматери.