Базилика святой Клары стоит на одноимённой площади piazza Santa Chiara, примерно в 250 м на юго-запад от кафедрального собора Ассизи.
Базилика, посвящённая последовательнице святого Франциска Ассизского, святой Кларе, была возведена на месте старинной церкви святого Георгия. Именно в церкви святого Георгия изначально был погребён (1226) и канонизирован (1228) святой Франциск Ассизский. Затем его останки были перезахоронены (1230) в построенной в его честь базилике. Клара также выбрала церковь святого Георгия, желая быть погребённой в ней. Вскоре после смерти святой Клары (1253) и её канонизации папой Александром IV (1255), были начаты работы по строительству базилики по проекту Филиппо да Кампелло. Рядом с базиликой был возведён и монастырский комплекс для сестёр-кларисс, получивших своё название в честь основательницы ордена – святой Клары. В 1265 году базилика святой Клары была освящена. В последующие века велись работы, в основном, по оформлению церкви. Между 1850-72 годом в базилике была построена крипта. В 1997 году базилика сильно пострадала от землетрясения, сейчас лишь часть базилики открыта для посетителей.
Внутреннее убранство храма выполнено в строгом францисканском стиле. Над внутренним пространством базилики, состоящей из одного нефа с трансептом и полигональной апсидой, поднимается крестообразный свод. Стены нефа лишены декоративной отделки, хотя на левой стене у входа видны следы фресковой росписи. Своды базилики расписаны фресками. Как в базилике святого Франциска, весь по всему периметру нефа идёт галерея, но в базилике святой Клары она расположена на уровне капителей пилястров.
Справа расположена самая древняя часть храма – капелла святого Георгия. Она осталась от древней церкви святого Георгия, стоявшей некогда на месте нынешней базилики святой Клары. Капелла святого Георгия разделена на две части: капеллу Причастия и капеллу Распятия. Капелла Причастия украшена фресками 14 века: «Благовещение», «Святой Георгий», «Вертеп», «Богоявление» (Паче ди Бартоло) и «Богоматерь на троне с младенцем и святыми» (1340-46, Пуччо Капанна) и другие фрески мастерских Джотто и Лоренцетти. В капелле Распятия или Реликвий хранится почитаемое распятие, датируемое 12 веком, из церкви святого Дамиана. Молясь перед этим распятием, святой Франциск, согласно преданию, услышал глас Бога, велевший ему отстроить церковь Господню. С 1212 года община сестёр-кларисс жила рядом с церковью святого Дамиана. Переезжая в свой новый монастырь, возведённый рядом с базиликой, сёстры-клариссы забрали с собой эту ценную реликвию. В той же капелле хранятся и другие реликвии святого Франциска и святой Клары.
В правом трансепте свод украшает «Житие святой Клары» (конец 13 века) – работа так называемого Мастера святой Клары (некоторые исследователи приписывают эту работу Чимабуэ). В центре расположено изображение святой, а по сторонам в восьми квадратах – сцены из её жития. Рядом написаны библейские сцены (первая половина 14 века, так называемый Мастер-экспрессионист святой Клары) и эпизоды из жизни святой (14 век). В капелле святой Агнессы хранятся мощи блаженных монахинь. Стены этой капеллы расписаны Мартинелли и Спаньоли (17 век).
Главный алтарь базилики (14 век) окружён двенадцатью полигональными колоннами, установленными в 15 веке, и закрыт калиткой из кованого железа (18 век). Левый свод украшает «Рождество Христово» (14 век, мастерская Джотто). Также на своде алтарной части имеется фресковый цикл «Святые и ангелы». На левой стороне стены – «Богоматерь с младенцем». Образ написан в византийской манере. Он близок по иконографии к «Одигитрии» («Путеводительнице») и датируется 13 веком. Люнет украшен эпизодами из Ветхого завета, выполненными в той же манере, что и росписи верхнего яруса Верхней церкви в базилике святого Франциска в Ассизи. Эти росписи восходят к концу 13 века. Распятие в апсиде приписывается так называемому Мастеру святой Клары и датируется 1280-90 годами.
«Нетленные» мощи святой Клары были обретены вновь под главным алтарём базилики в 1850 году. Для саркофага с мощами святой Клары в 1850-72 годах была построена крипта. В 1935 году крипта была перестроена в неоготическом стиле. В ней также хранятся некоторые реликвии (одежда, личные вещи и т.д.), связанные со святым Франциском и святой Кларой.