Церковь святого Франциска на горе находится на одноименной площади Piazza San Francesco, примерно в 600 метрах к северу от Кафедрального собора. Ее строительство было начато в 1237 году на земле, которую папа Григорий IX даровал францисканцам вместе с дворцом Алеманни («германцев»), построенном в 1208 году, который впоследствии стал частью монастырского комплекса, прилегающего к церкви.
Базилика реконструировалась на протяжении 16-17 веков, оригинальные романские элементы заменялись барочными. Церковь сильно пострадала во время бомбардировок 1944 года. В 1953 году проводились масштабные реставрационные работы, во время которых романская структура церкви была очищена от барочных наслоений и зданию попытались придать облик, максимально приближенный к первоначальному.
План церкви представляет собой латинский крест с единственным нефом, завершающимся квадратной апсидой с готическими витражами. Оригинальное стропильное перекрытие было открыто во время реставрации 1953 года, до этого оно было сокрыто под барочными сводами. Поперечные стропила поддерживаются стрельчатыми арками, апсида и трансепт перекрыты стрельчатыми сводами, нервюры которых опираются на композитные пилястры, декорированные готическими растительными мотивами. Изначально стены базилики были полностью покрыты фресками по образцу францисканской базилики в Ассизи, сейчас эти росписи утрачены.
Сейчас в интерьере церкви святого Франциска особого внимания заслуживают:
* «Святой Антоний Падуанский и святая Роза Витербская на фоне Витербо», доска неизвестного мастера (1572);
* Надгробный памятник папе Адриану V (умер в 1276) (фото), отличающийся богатым мраморным и мозаичным декором в стиле Космати, приписываемый великому итальянскому скульптору и архитектору Арнольфо ди Камбио;
* Надгробный памятник папе Клименту IV работы Пьетро ди Одеризио (1270).