Базилика святого Франциска находится на одноименной площади примерно в 800 м к югу от базилики святого Виталия.
Первая базилика на этом месте была построена епископом Неоном (около 450 года) и была освящена в честь святых апостолов Петра и Павла, однако практически ничего из древней постройки не сохранилось. В 10-11 веках церковь была полностью перестроена. В этот же период была построена мощная квадратная в основании колокольня. Затем в 1261 году церковь была названа в честь святого Франциска, поскольку она перешла по концессии с окрестными домами и огородом ордену францисканцев. В 1793 церковь была практически заново отстроена архитектором Пьетро Дзумальини.
В интерьере, под главным алтарем, находится крипта 10 века. На полу крипты любопытны фрагменты мозаик. Крипта постоянно подтоплялась, и сейчас посетителям крипты открывается странное зрелище - она всегда заполнена водой, в которой плавают красные и желтые рыбки.
В 1321 году в церкви проходили похороны великого итальянского поэта Данте Алигьери, который захоронен рядом с церковью.