В истории этой церкви в Греции отразилась история завоеваний острова. В своем первоначальном виде церковь была основана византийцами (961 год) и являлась православным храмом. В 16 веке во времена господства венецианец использовалась как католический храм. А при турках служила мечетью и именовалась Визир-Джами.
Землетрясение 1856 года полностью разрушило церковь в Ираклионе, но уже в 1872 она была отстроена заново и приобрела тот вид, в котором и дошла до наших дней.