Когда-то на месте монастыря был большой романский господский дом с двором, окруженным хозяйственными постройками и прилегающей к нему романской ротондой. Согласно хронике Гаека в 927 году ротонду св. Лаврентия начал строить князь Вацлав, в 1232 объект перешел во владения рыцарей Темпларского ордена.
После упразднения ордена владельцами становятся сначала иоанниты, затем сюда переносится резиденция ордена доминиканок, начинается строительство костела св. Анны, которое сопровождается расширением комплекса, превращением бывшей коменды в монастырский конвент, получением в дар ряда соседних домов и других средств.
В 1420 гуситы не разрушили монастырь из-за родственных связей одной из монахинь с Яном Жмжкой.
После поражения Зигмунда в монастыре нашли временное убежище бенедиктинки из СвятоЙиржского монастыря Пражского Града. К середине 15 века в монастыре осталось всего 30 монахинь, бедственное материальное положение усугубило наводнение.
В начало 17 в. Комплекс перестраивается в стиле ренессанс благодаря королеве Анне, а в 18 веке - в стиле барокко по планам Орси.
В 1782 монастырь упраздняется, оставшиеся монахини вынуждены его покинуть, объект покупает Ян Тихий, сдавая под жилье, в костеле устраивается склад.
При придворном издателе Шёнфельде в костеле устраивается многоярусный склад бумаги, комплекс адаптируется под типографию в 19 и 20 веках.
С сер. 20 в. начинаются археологические исследования, в костеле открыты ценнейшие готические и позднеренессансные росписи, 1984–1993 ремонтируют кровлю и экстерьер костела, 1992–1993 проходит реконструкция среднего крыла для балета Национального Театра, который является арендатором объекта на 99 лет за символическую плату. Фонд Дагмар и Вацлава Гавел "Vize 97" в 2002 г. начал обновление костела с целью создания культурного центра "Пражский перекресток".
В октябре 2004 года в костеле были обнаружены новые готические фрески, авторство которых, судя по качеству художественного письма, приписывают мастеру Тржебоньского алтаря.
В настоящее время закончен первый этап реставрации интерьеров костела св. Анны, в том числе восстановление фресок силами реставраторов общества «Традиция» при участии пражской Академии художеств.
