Кафедральный Собор Богоматери «Воплощения» (de la Encarnacion) Малаге находится в 10 минутах ходьбы на юго-восток от церкви святого Иоанна Крестителя и в 10 минутах ходьбы на юго-запад от церкви святых Мучеников. Кафедральный собор представляет собой одну из главных жемчужин Ренессанса во всей Андалусии. Он располагается в пределах древних крепостных стен и образует обширный архитектурный ансамбль вместе с Алькасабой и крепостью Хибральфаро.
Собор строился между 1528 и 1782 годами, согласно чертежам Диего де Силое. Фасад собора выполнен в стиле барокко и разбит на два яруса. В нижней части имеется три арки, внутри которых находятся двери, отделённые мраморными колоннами. Боковые двери украшены медальонами со святыми покровителями Малаги, Кириаком и Паулой, а центральный вход увенчан медальоном, представляющим сцену Благовещения.
Интерес представляет портал со стороны средокрестия с капителями в ренессансном стиле и тремя нишами. Портал ризницы (Portada de Sagrario) имеет форму полуциркульной арки, заключенной между колоннами. Его фронтон имеет изогнутую форму, а тимпан украшен епископским щитом. Боковые стены подчёркивают величие контрфорсов собора, они украшены классическими карнизами и двумя ярусами окон.
Интерьер собора выполнен в стиле эпохи Возрождения. Он имеет прямоугольную форму и состоит из трёх нефов одинаковой высоты, центральный из которых самый широкий. Центральная капелла расположена в деамбулатории и посвящена Благовещению, как и собор. Алтарь капеллы состоит из трёх этажей, отделённых четырьмя колоннами с гладким стволом и коринфскими капителями. Центральная ниша украшена гравюрой из белого мрамора, представляющей сцену Благовещения: деву Марию посещает архангел Гавриил. Над каждой из фигур изображено большое солнце, в центре которого находится голубка, символизирующая Святой Дух.
Две другие ниши украшены фигурами святых мучеников и покровителей Малаги Кириака (справа) и Паулы (слева), которые стоят на больших яшмовых пьедесталах. С левой стороны капеллы находится скульптура молящегося Фрая Бернардо Магрике, пятого епископа Малаги, который был инициатором строительства собора. Скульптура датируется 1565 годом. Она сохранилась в первоначальном виде, пережив перестройку капеллы, которую спустя два века проводили при епископе Малаги Дон Хосе Молина Ларио. Его мавзолей из белого мрамора находится с правой стороны капеллы.
Капелла Девы Марии Королей (de los Reyes) украшена небольшим алтарём, посвящённым святой Деве Марии. Он декорирован готической скульптурой девы Марии конца 15 века, которая была дарована Католическими королями Малаге после ее отвоевания. По бокам от неё располагаются две скульптуры молящихся Католических королей, работы Педро де Мена. В верхней части центральной стены алтаря находится полотно внушительных размеров, посвящённое обезглавливанию апостола Павла в Риме, написанная малагским художником Энрике Симонетом в Риме в 1887 году. В левой нижней части полотна изображена голова апостола Павла, которая излучает яркий свет. Из обезглавленного тела с прикованными к столбу руками также исходит свет.
Капелла архангела Рафаила, построенная во второй половине 18 века Франсиско Энрикесом де Луна, украшена скульптурой святого Рафаила работы малагского скульптора Фернандо Ортиса (18 век). Первый этаж капеллы украшен скульптурами Товита и его сына Товии, заключённых между колоннами, которые согласно Ветхому завету (книга Товита) были спасены архангелом Рафаилом. В верхней части капеллы находится медальон с изображением сцены явления святого архангела Рафаила к Товиту. Капелла увенчана скульптурой, представляющей собой аллегорию Милосердия. Капелла была практически полностью разрушена во время Гражданской войны, так что сегодня мы можем увидеть лишь её реконструкцию, которую осуществили на основе сохранившихся снимков скульптор Мигель Санчес Руис и художник Луис Рамос Роса. Капеллу святого Рафаила завершает железная решётка, которая была создана Луисом Гомесом в 1770 году.
Настоящим произведением искусства являются деревянные скамьи в хорах, работы Педро де Мена. Кроме того, в интерьере кафедрального собора Малаги представлены такие произведения искусства, как готический алтарь капеллы святой Варвары и гробницы 16 века в капелле святого Франциско. В капелле Девы Марии-де-ла-Энкарнасьон находится неоклассический алтарь 1885 года, авторство которого принадлежит Хуану де Вильянуэва. Он был построен Антонио Рамосом и Альдеуэла и декорирован скульптурами Саласара и Паломино. Также в интерьере собора представлены скульптуры Педро де Мена и картины Алонсо Кано, его ученика Хуана Ниньо де Гевара (1632-1698) и Энрике Симонета.