Церковь святого Петра находится в самой высокой части города, в 500 м на северо-восток от кафедрального собора. Эта примечательная постройка является лучшим образцом архитектуры города. Главной особенностью церкви является то, что внешне она имеет восьмиугольную форму, однако внутреннее пространство церкви построено в виде окружности.
За время своего существования церковь святого Петра не раз перестраивали. Предполагается, что первая ее версия была построена с тремя нефами и башней вскоре после завоевания Куэнки Альфонсо VIII. Однако это здание разрушили и построили на его месте другую церковь.
Новая постройка появилась на этом месте лишь в начале 17 века. К сожалению, до нас не дошли документы, зафиксировавшие имена людей, занимающихся отделочными работами церкви. Сохранилось одно-единственное упоминание о том, что каменщик Алонсо де Торрес руководил отделкой капеллы. Исходя из этого, историки делают вывод, что речь идет о капелле святого Марка, строительство которой, как написано на фризе, было начато в 1604 году под руководством дона Мигеля Энрикеса, священника Кафедрального собора Куэнки. Капелла покрыта великолепными восьмигранными украшениями в стиле мудехар. Уже намного позже эта капелла стала собственностью графов де Торено.
В 17 веке башня церкви находилась в столь плачевном состоянии, что была под угрозой полного разрушения. В конце 1660 года было решено начать реконструкционные работы, чтобы предотвратить процесс разрушения башни и не допустить оседание церкви. Возглавили работы мастера по обработке камня Педро Салинас, Андрес Мартинес и Симон Мартинес. Они составили чертежи башни, которые были рассмотрены и отредактированы доном Хуаном дель Понтон.
Архитектор оценил проект, представленный Педро Салинасом, однако внёс некоторые изменения (материалы, мерки башни, а также верхушка, которая, по его мнению, должна была покрываться крышей из черепицы, а не из шифера). Башня из трех нисходящих уровней, была завершена в конце 18 века колокольней. Когда проект был обнародован, решили найти каменщика с помощью общественного голосования. 8 февраля 1661 года его выиграл мастер каменных дел дон Грегорио Пастор.
В 17 веке, во время епископства дона Хосе Флореса Осорио, церковь, как и многие другие постройки Куэнки, была полностью обновлена. Работы, которые датируются 17 веком, проходили под руководством архитектора дона Хосе Мартин де Алдеуэла.
Однако кессонный потолок капеллы эпохи графов де Торено остался неприкосновенным, что наглядно доказывает, как дон Хосе Мартин де Алдеуэла смог привнести новое, сохранив существующие достоинства церкви.
Изменения коснулись внутреннего пространства церкви. Снаружи она имеет восьмиугольную форму. Внутри представляет собой окружность, по периметру которой располагаются пилястры с возведенными между ними арками усеченного конуса. Таким образом, внутреннее пространство церкви стало меньше. Это пространство-окружность, которое опоясано широким зубчатым карнизом, заканчивается куполом с окнами разных форм, что очень характерно для архитектуры дона Хосе Мартина.
Портал церкви в стиле барокко с аркой усеченного конуса между пилястрами и украшенными нишами по обеим сторонам хорошо иллюстрирует творчество дона Хосе Мартина. То же самое можно сказать о суперпозиции карниза, имеющего плавные линии. Абсида (также многоугольная) обозначает ось, завершающуюся фасадом церкви, который состоит из портала и башни.