Церковь святого Николая в Городе (Iglesia de San Nicolás de la Villa) находится в 600 м к северо-западу от собора и в 150 м к югу от церкви святого Ипполита.
Она входит в число т.н. «фердинандовских церквей» (iglesias fernandinas), первых христианских храмов города после его завоевания Фердинандом III. Ее возникновение относится к 1236 году, но в последующие века она неоднократно достраивалась и перестраивалась, из-за чего носит отпечаток различных стилей. К названию прибавлено «в городе», чтобы отличить ее от церкви, посвященной тому же святому, когда-то стоявшей «в пригороде» – San Nicolás de la Ajerquía.
В плане церковь сохраняет готический принцип, она почти квадратна и не имеет поперечного трансепта. Ее три нефа заканчиваются прямоугольными апсидами. Центральный перекрыт деревянным потолком из больших восьмиугольников с полихромными мотивами, что является признаком стиля мудехар. Одна из стен нефа украшена фреской с изображением Моления о Чаше. В интерьере особенно интересна отделка баптистерия (1540-55), работа Эрнана Руиса Младшего и Себастьяна Пеньярредонда. Любопытен рельеф с аллегорией Милосердия, украшающий антесакристию (помещение перед ризницей), а также главное ретабло, вырезанное Хорхе Мехия в 1720-23 годах, и чаша для причастия работы ювелира Дамиана да Кастро.
В 1771-73 годах под церковью была построена крипта, о которой надолго забыли, обнаружив ее лишь недавно. Удивленные монахи нашли в ней подсвечник и изображение Богородицы, нетронутые на протяжение почти двухсот лет. Теперь эта крипта используется в качестве церковной лавки.