Церковь святого Иоанна Крестителя в Малаге находится в 10 минутах ходьбы на северо-запад от кафедрального собора. Это одна из четырёх христианских церквей, основанных в городе после его отвоевания в 1487 году.
Первоначально церковь имела два нефа, построенных в готическом стиле во времена Католических королей с элементами стиля мудехар и стрельчатыми арками, опирающимися на колонны. Также в 1543 году к церкви была пристроена башня. В 1554 году по инициативе епископа Фрая Бернардо Манрике главный архитектор кафедрального собора Малаги Диего де Вергара принялся перестраивать церковь.
В 1680 году землетрясение разрушило церковную башню, которая была заново отстроена межу 1732 и 1776 годами. Она представляет собой великолепный образец башни-портика, предоставляющей вход в церковь через боковой неф. Вход представляет собой полукруглую арку с декоративными элементами в форме алмазов на антрвольте (часть плоскости между архивольтом арки и прямоугольным обрамлением стены). Портик башни имеет прямоугольную форму, с эллиптическим сводом и нишей, украшенной скульптурой святого Иоанна Крестителя. Три этажа башни разделены плоскими пилястрами, которые скошены по углам и отделены карнизами и волнистыми обломами.
В 1740 году боковые нефы были украшены капеллами с необарочными алтарями. Капелла Анимос, расположенная в левом боковом нефе, датируется второй половиной 18 столетия. Она имеет квадратную форму и полусферический свод с барабаном. Капелла украшена погребальной символикой и тонким растительным орнаментом, который располагается вокруг центрального зеркала и служит символом времени и бренности жизни.
Капелла Кристо-де-Анимас-и-Сьегос в правом боковом нефе является одной из самых старинных в городе. Первоначально она находилась в церкви монастыря святого Луиса-дель-Реаль, однако в 1835 году была перевезена в церковь святого Иоанна Крестителя и реставрирована в 1982 году.
Современный свой вид церковь приобрела в 1760 году, когда её в очередной раз частично перестраивали. Место службы было покрыто сводами с люнетами, украшенными цветочным орнаментом; а пилястры были украшены разноцветным мрамором.
Главная капелла церкви была построена в начале 19 века и реставрирована в 1962 году. Она имеет прямоугольную форму и завершается сводом, внутри которого находится ещё один меньшего размера полусферический свод с медальоном. Внутри капеллы располагается алтарь в стиле необарокко работы Мигеля Гарсия Наваса. Недалеко от алтаря стоит купель, отделанная красным мрамором. Церковная галерея имеет вогнутый балкон, под которым располагаются опорные арки. Одна из них первоначально была входной, а затем служила для прохода процессий.
С 2005 по 2009 годы была проведена реставрация интерьера церкви святого Иоанна Крестителя, в результате чего были укреплены своды, а стенам возвращён первоначальный белый цвет.