Церковь святого Иоанна Богослова стоит на месте бывшей главной мечети города. Согласно Леопольдо Торрес Бальбасу, мечеть была построена в 965 году после окончания строительства мечети Кордовы. Это было выявлено в ходе археологических раскопок, когда были найдены филенки, схожие с кордовскими образцами.
Прямоугольное основание составляло 70 метров в длину и 45 в ширину. Зал для молитв находился в южной части мечети, что характерно для мечетей Андалусии - все они ориентировались на юг. Первоначальная мечеть была прямоугольной в плане с подковообразными арками. В 12 веке был сделан полусферический купол. Вероятно тогда же была сделана так называемая максура - огороженное место для молитвы. Её остатки были найдены в ходе археологических раскопок.
Во внутреннем дворе для омовений были посажены лимонные деревья. Путешественник Аль-Удри говорит о том, что за время существования мечети, она дважды расширялась.
Вскоре после взятия Альмерии христианами 26 декабря 1489 мечеть стала церковью святой Марии. Благодаря особой архитектуре мечети, не проводя особенных изменений, здесь разместилась кафедральная резиденция. Главным изменением стала ориентация на восток, а не на юг, как было ранее. Внутренний двор и минарет были перестроены в клуатр и колокольню соответственно.
В 1522 году здание начали расширять. Работы проводились под руководством Хуана Гомеса де Кармона, но землетрясение 22 сентября все уничтожило. Тем не менее кафедральная резиденция находилась здесь до 1551 года, пока не была перенесена в Собор Воплощения.
В 1560 епископ Антонио Коррионеро принял решение открыть приход святого Иоанна на месте бывшей мечети-церкви. Но в 17 веке по ряду причин приход разобрали на камни. Современный же храм был построен уже в 19 веке по инициативе епископа Хуана де Портокарреро. В 1938 из-за бомбёжек во время Гражданской войны крыша церкви обвалилась. Храм несколько лет простоял без кровли. Только в 1991 году закончились последние реставрационные работы.
Церковь святого Иоанна - это однонефный храм с рядом колонн тосканского ордера. Изначально храм был покрыт сводом, но сейчас его заменяет деревянный потолок. По своей структуре церковь до сих пор повторяет стоявшую здесь ранее мечеть, а в окрестностях были найдены фрагменты этой мечети.
