Церковь святого Антония находится на берегу устья реки Бильбао, рядом с мостом с одноимённым названием, в 500 м на юго-восток от кафедрального собора. Эта готическая церковь находится в историческом центре города и является одним из самых известных храмов Бильбао и даже изображена на гербе города.
Почти 300 лет до строительства церкви на этом месте была построена торговая биржа. В 1334 году король Альфонс XI Кастильский построил здесь дворец и оборонительную стену, которая также выполняла функцию дамбы во время наводнений. Фундамент этой стены был найден в 2002 году во время археологических раскопок, и сейчас его фрагменты можно увидеть за алтарем церкви.
Главный портик в стиле эпохи Возрождения был спроектирован в 1544 году Хуаном де Гарита и построен между 1546 и 1548 годами группой архитекторов во главе с Гийотом де Бьюгрантом. Балконада церкви была построена в 1559 году каменщиком Хуаном де Ларисом. Три капеллы, смежные с северным нефом, были построены во второй половине 16 столетия в стиле готика-ренессанс. Барочная колокольня церкви была создана Мануэлем де Капеластеги в 1775 году по чертежам Хуана Итурбуру.
Последним из преобразований было строительство ещё одного портика, ризницы и двух церковных лавок, которые окружают церковь с западной стороны. Они были построены в 1902 году в неоготическом стиле по чертежам архитектора Энрике Эпалса.
Со времени своего основания и вплоть до 19 века интерьер церкви использовался как усыпальница. За свою историю церковь пережила несколько бедствий, последнее во время ужасных наводнений 1983 года, которые унесли с собой большую часть мебели, двери и решётки. 17 августа 1984 года церковь святого Антония была объявлена национальным памятником Испании.
Внешний портик церкви представляет собой обширный архитектурный элемент, выполненный в стиле эпохи Возрождения и обильно украшенный фантастическими и религиозными мотивами. Он завершается триумфальной аркой, заключенной между двух колонн. По бокам от них стоят фигуры апостолов Петра и Павла. Над аркой возвышается смотровой балкон, выходящий на площадь. Барочная колокольня церкви имеет восьмиугольную форму и украшена пинаклями и фонарём с аллегорией Веры, созданным Херонимом де Архос.
Нынешний собор имеет три нефа с четырьмя пролетами каждый. Боковые нефы покрыты простыми крестовыми сводами, а центральный – сложными. Главную капеллу покрывает самая изысканная нервюра. Все крепежные арки – стрельчатые, кроме полукруглых арок первого пролета. На стенах, которые закрывают центральный неф, под окнами, располагается трифорий в форме сплошной галереи. Он практически в точности повторяет трифорий кафедрального собора Иакова. Примечательно, что собор построен без апсиды, и стена южного нефа имеет скошенный край, предназначенный для стока речной воды.
Главное алтарное украшение имеет 12 элементов: семь картин, написанных современным местным художником Иньяки Гарсия Эргуин, а также связанные между собой пять скульптурных композиций. В пределле – два рельефа, изображающие Омовение Ног и Тайную Вечерю; ниже – две круглых статуи апостолов Петра и Павла; на уровне аттика – распятие. Две статуи и два рельефа первоначально были частью романского алтарного украшения конца 16 века. Распятие же было создано ещё раньше, в начальный период испанского Возрождения.
Около пресвитерия, рядом с входной дверью, стоит готическая деревянная скульптура святого Антония 15 века. Также в первом пролете одного из нефов в каменной нише находится скульптура святого Антония Падуа с Иисусом, произведение в стиле рококо, авторство которого приписывают Хуану Паскуалю де Мена. Далее следует арка в стене, в которой помещена современная копия скульптуры Богоматери Бегоньи работы скульптора Ларреа. Справа от неё находится картина, посвящённая Вознесению Девы Марии, которая датируется концом 17 века.
Церковный хор был построен в последней четверти 16 века Доминго де Гаритой и Хуаном Лете. Он имеет свой орган, произведённый в 1901 году. Под хором помещены две фигуры Космы и Дамиана, созданные в 1664 году скульптором Антонио де Альоитисом.
