Этот монастырь был основан в 1294 г. преподобным Нитидзо, который был направлен в столицу для проповеди нового учения опальным монахом Нитирэном, ставшим родоначальником одноименной новой школы. На первом этапе эта миссия не удалась, и монастырь без поддержки мирских властей и под давлением оппонентов пришел в запустение. Через столетие отношение к новому учению изменилось, и со дня повторного основания монастыря в 1420 г. вплоть до 1536 г. Мёрэндзи процветал. Одна очередная волна религиозных распрей привела к уничтожению всех 21 храмов, к тому времени располагавшихся на его территории. Лишь покровительство первого объединителя Японии Тоётоми Хидэёси спасло монастырь от исчезновения, и он снова был воссоздан в конце XVI в., чтобы вновь сгореть в 1788 г.
Ныне в состав монастыря входят восемь храмов, в центральном из которых находится «Сад шестнадцати архатов-учеников Будды». Его автором считается монах Гёкуэнбо Ниссю, участвовавший в создании шедевра японского садового искусства виллы Кацура рикю .
Самый крупный центральный камень этой композиции, называемый «Лежащим быком», ранее находился в саду замка Тоётоми Хидэёси. По преданию, когда Гёкуэнбо Ниссю, славившийся своими духовными подвигами, был приглашен к всемогущему правителю, тот подарил ему понравившийся камень и, демонстрируя свое всесилие, повелел, чтобы тот был доставлен в храм раньше, чем туда успеет вернуться монах. Легенда гласит, что так и случилось, и с тех пор этот знаменитый камень украшает сад Мёрэндзи, словно служа напоминанием о вечном соперничестве власти земной и духовной.