В средние века собор был мистическим местом паломничества христиан, желавших поклониться мощам Томаса Бекета, канцлера Англии и архиепископа Кентерберийского, который был убит по приказу Генриха II 29 декабря 1170 г.
До вторжения римлян это место было таинственным языческим капищем. Во время римского владычества здесь построили кельтский храм, но когда римляне в V в. ушли из Англии, место снова превратилось в языческое святилище.Собор здесь стали сооружать в 597 г. н. э., когда святой Августин по приказу папы Григория, желавшего искоренить языческие культы, прибыл из Рима обращать англов и саксов в христианство. Святой Августин был первым архиепископом Кентерберийским. Первоначальное здание собора сгорело дотла во время пожара 1067 г. Нынешний собор строился поэтапно, в течение нескольких столетий.
Утверждали, что от раки с мощами Бекета исходит огромная духовная сила. Сам Генрих II совершил покаяние у его могилы четыре года спустя после убийства.
Паломничества в Кентербери в течение трех столетий были очень популярны, и город, в буквальном смысле слова, работал на обслуживание паломников. Пик популярности собора и мощей архиепископа пришелся на конец XIV в., что описано в «Кентерберийских рассказах» Джеффри Чосера.
В XVI в. Генрих VIII положил решительный конец паломничествам, распустив монастыри. Он ограбил Кентербери, о популярности которого свидетельствовало множество костылей, оставленных возле собора излеченными калеками. По свидетельствам современников, Генриху потребовалось двадцать телег, чтобы вывезти золото и драгоценности, оставленные там верующими в благодарность за исцеление и сотворенные чудеса.
Генрих приказал уничтожить могилу Томаса Бекета, но мистическое место, где был убит архиепископ, до сих пор отмечено мемориальной табличкой.
