В настоящее время в Музее Литературы имени Алишера Навои демонстрируется многовековая история узбекской литературы в рукописях, различные исторические документы, картины, архивы и фотоматериалы. Он представляет собой научно-просветительское и культурное учреждение. Основан музей был в 1939 году, когда в этом здании впервые была проведена выставка, посвященная 500-летнему юбилею выдающегося мыслителя и непревзойденного восточного поэта Алишера Навои. А в 1947 году на базе проведенной выставки был официально основан Музей Литературы. В 1958 году Музей Литературы был передан в руководство институту Языка и Литературы Академии наук Узбекистана. 18 ноября 1967 года согласно правительственному решению «О музее Литературы Академии наук Республики Узбекистан» музей получил статус научно-просветительского учреждения Академии наук Узбекистана. Его руководителем был назначен профессор Хамид Сулайманов. В 1976 году на базе музея был создан институт Рукописей, музей же в это время продолжал свою деятельность в качестве его отделения. 13 сентября 1989 года решением Центрального комитета КП Узбекистана и Совета министров УзССР Музей Литературы был преобразован в научно-культурное учреждение.
С приобретением независимости 31 мая 1991 года согласно принятому Президентом Академии наук Республики Узбекистан решению Музей Литературы был выведен из состава института Рукописей.
В настоящее время в музее выставлено более 17 000 разнообразных по стилю выполнения произведений искусства, портретов, картин, уникальных археологических памятников, образцов народно-прикладного искусства. В музее действуют отделы, которые проводят исследовательские работы по истории узбекской литературы. Каждый из этих отделов исследует богатое духовное наследие народа на основе сохранившихся до наших дней рукописей и архивов фонда. Они регулярно публикуются в сборнике научных статей под названием «Адабиёт кузгуси». Работниками музея была создана единая база фонда рукописей и коротких фильмов на основе тех научных командировок и экспедиций, которые в свое время осуществлялись на территории Республики Узбекистан и за его пределами.
Помимо фонда рукописей, в музее собрана коллекция литографических книг, которая регулярно пополняется. Эта коллекция состоит более чем из 65 000 документов, которые повествуют о жизни и деятельности писателей Узбекистана, проживающих в стране с начала 19 века по настоящее время.
Сейчас Музей Литературы Алишера Навои совершает научные исследования вместе с зарубежными институтами, библиотеками и музеями. Интересно, что за последнее время этой совместной работы в коллекциях иностранных музеев было найдено множество рукописных произведений деятелей узбекской классической литературы.