Греческая больница в Балыклы была построена на основе больниц, построенных для греческих православных во времена оттоманской империи.
Изначально больница начинала свою деятельность в деревянном здании под названием Буйук Балыклы хан, которое располагалось в Каракое. Даже сегодня прибыль и само здание принадлежат больнице. Больница располагалась близко к гавани Галата и была перемещена на нынешнее место, чтобы защитить больницу от эпидемии чумы, которая могла распространяться моряками и людьми, прибывающими на кораблях.
Участок, на котором больница была воздвигнута в 1753 году, был приобретен рабыней из дворца и отдан под строительство больницы. В 1795 году началась перестройка здания из деревянного в кирпичное, затем каменное. Согласно императорскому указу и документам архива больницы, новые здания были присоединены к старым во время ремонтных работ.
