Собрание, состоящее из 4 000 работ Клее (1879-1940), разместилось в элегантном здании, которое сам архитектор сравнивает скорее с «ландшафтной скульптурой». Три «холма» точно вписаны в окружающий ландшафт, практически растворяясь в полях пшеницы, лугах и лесах. Близлежащее шоссе скрыто земляным валом, что предусматривалось проектом музея.
В первом, самом большом, «холме» из стекла и стали расположен вестибюль, аудитория и образовательный центр. В среднем – залы постоянной экспозиции и временных выставок. В меньшем – исследовательский центр и офисы администрации.
Галереи, в которых одновременно будут выставляться 200 картин художника (планируется их постоянная ротация) представляют собой светлое помещение под изогнутой крышей, напоминающей о проектах Пьер Луиджи Нерви.
Его 1700 кв. м площади разделяет на меньшие пространства лабиринт выгородок, которые можно легко перемещать в зависимости от желания куратора. Залы прохладны (что достигается естественной вентиляцией) и мягко освещены. Проект комплекса стоимостью 110 млн. швейцарских франков был предварительно одобрен местными жителями: на референдуме 83% высказалось за строительство музея.