В 1528 году для обучения протестантских пастырей в древнем монастыре кармелитов (Barfusserkloster) в "Herrengasse" было создано высшее учебное заведение, где изучали теологию, иврит, греческий и философию.
Начиная с 18-го века в программу обучения были введены право, математика и естественные науки. Вслед за Реставрацией в 1805 году была основана академия, которая включила в себя факультеты теологии, права, медицины и философии.
В 1874 году был образован факультет католической христианской теологии, который до сих пор остается единственным в Швейцарии. С 1903 года университет размещается в новом большом здании, построенном на участке земли под названием "Grosse Schanze". Сейчас это главное здание университета. В университете работают около 13.5 тысячи человек (преподавательский состав, студенты, административный и технический персонал), что примерно равно населению небольшого города.
