Западно-Алтайский государственный природный заповедник учрежден Постановлением Верховного Совета Республики Казахстан № 1519-ХП от 3 июля 1992 г. с целью комплексной охраны биогеоценозов горной системы Казахстанского Алтая. Он занимает площадь 56078 га у северо-восточной границы Восточно-Казахстанской области на территории двух административных районов: Риддерского (ранее Лениногорского) и Зыряновского.
Основные горные хребты: Линейский, Коксинский, Ивановский и Ульбинский, не достигают больших высот и имеют рельеф эрозионного характера. Тектонические формы определяют наиболее крупные черты современной орографии. Сложная геологическая история своими истоками уходит в далекое прошлое. Еще в докембрии и нижнем палеозое в результате тектонических движений был заложен фундамент складчатой горной страны, окончательно оформившейся во время герцинской складчатости. Ледниковые формы рельефа не имеют универсального значения для всей территории Алтая, но в ряде районов определяют специфику строения поверхности. Водно-эрозионные формы рельефа распространены повсеместно, и наиболее развиты в области среднегорий. Уникальные образования - гранитные останцы Линейского белка - один из оригинальных геологических памятников минувших эпох. В строении территории заповедника принимают участие изверженные породы пермского и девонского периодов, а также самые молодые четвертичные образования.
В долинах рек Черная и Белая Уба расположены небольшие по площадям мелколиственные леса. Основными лесообразующими породами являются березы - бородавчатая и пушистая, а также различные виды ив. В подлеске обычны жимолость алтайская, таволга средняя, рябина сибирская, смородина красная. Травостой обеднен, с ограниченным числом видов, среди которых встречаются борец белоустый, живокость высокая, борщевик рассеченный, горькуша широколистная, скерда сибирская, овсяница лесная, лук мелкосетчатый, вейник Лангсдорфа и др. В долинах Черной и Белой Убы нередки обширные кочкарниковые болота с разнообразием осок и изреженными зарослями березы низкой, ивы ложнопятитычинковой и курильского чая. В долине р. Белая Уба представлены фрагменты кустарниковых остепненных лугов с доминированием таволги средней и шиповников.
Горно-таежные леса представлены черневой тайгой, кедрово-пихтовыми и темнохвойными лесами. Черневая тайга встречается по юго-западному склону хр. Линейский в виде небольших фрагментов.
В ее составе, кроме пихты, обычны осина и береза, в подлеске - рябина сибирская, акация древовидная, княжик сибирский, смородина красная, таволга дубравколистная, жимолость алтайская. Характерно отсутствие мохового покрова и обилие папоротников. Довольно обычны неморальные реликты: ветреница алтайская, кандык сибирский, коротконожка лесная, чистец лесной, вороний глаз, плаун булавовидный и др.
Кедрово-пихтовые леса состоят в основном из сосны сибирской, которую чаще называют кедром, и пихты с незначительной примесью березы, реже - осины. Подлесок слабо выражен, в его сложении участвуют смородины - темно-пурпуровая и красная, малина, рябина, жимолость алтайская, таволга дубравколистная, княжик сибирский. Травянистый покров представлен в основном высокотравьем с ограниченным числом видов. Это мятлик сибирский, ежа сборная, горькуша широколистная, пион уклоняющийся, борец белоустый, борщевики, бодяк разнолистный и др. На полянах доминируют овсяница лесная, ежа, купальница алтайская, лютик крупнолистный.
Основные породы темнохвойной тайги -ель сибирская, пихта, кедр и сопутствующие -береза, лиственница, осина. Подлесок очень беден. Травянистый покров хорошо развит и разнообразен по видовому составу. На затененных участках среди мхов встречаются кислица обыкновенная, линнея северная, осока большехвостая. Весной на полянах сплошным ковром цветут кандык сибирский, ветреница, гусиный лук зернистый. В конце мая луга поражают обилием купальницы алтайской, лютика крупнолистного, пиона уклоняющегося. В июле, когда зацветают живокость высокая и борец белоустый, этот оранжево-желто-розовый аспект сменяется на лилово-голубой.
Верхнюю полосу леса в интервале высот 1700-1900 м над ур. м. занимают парковые кедрачи и лиственничники. Основные лесообразующие породы - кедр и лиственница. В составе изреженного подлеска преобладают жимолость алтайская и отдельные группы березы круглолистной, ивы шерстистой, реже - ивы саянской. В травостое доминирует крупнотравье: маралий корень, горькуша Фролова, скерда сибирская, тысячелистник Ледебура, борец северный, мятлик сибирский и др.
Субальпийские и альпийские луга расположены в интервале высот 1800-2200 м над ур. м. Четко выраженных границ между этими поясами-не наблюдается. Субальпийские луга входят в верхний предел леса, образуя мощный травостой до 2,5 м высотой. В его составе обычны горькуша широколистная, маралий корень, копеечник чаевой. В местах с повышенным увлажнением нередки заросли родиолы розовой (золотой корень) и родиолы холодной.
Альпийские луга поражают разноцветьем травостоя. На выровненных участках обычны горечавка крупноцветковая, фиалка алтайская, вероника крупноцветковая, водосбор железистый, золотарник Геблера, местами - бадан толстолистный и змееголовник крупноцветковый. По берегам водотоков преобладают долгоног снеговой, примула снеговая, камнеломка точечная.
По окраинам курумов и осыпей высокогорья часто встречаются пионерные микросообщества, в состав которых входят камнеломки, родиолы, астра альпийская. Крупнообломочные осыпи, или курумы более характерны для склонов юго-восточной и юго-западной экспозиций. В растительном покрове этого ландшафта хорошо представлены кустарники: карагана древовидная, сибирка алтайская, таволга средняя, смородина черная, малины - обыкновенная и сахалинская, кизильники - черноплодный и одноцветковый, жимолости - щетинистая и татарская.
Гребни закрытых морен занимают низкотравные альпийские луга с преобладанием осок, астры альпийской, змееголовника крупноцветкового, володушки длиннооберточковой, копеечника чаевого, патринии сибирской. По склонам морен растут кустарники: княжик, береза круглолистная, ивы, можжевельник сибирский. На остепненных альпийских лугах встречаются лук низкий, остролодочник серно-желтый, лен алтайский, прострел раскрытый и др. По скалистым выходам и осыпям обычны камнеломки, родиола четырехраздельная и змееголовник безбородый.
Тундровая растительность встречается в заповеднике отдельными массивами в интервале высот 2100-2300 м над ур. м. Она представлена различными сообществами с преобладанием осок, кобрезий, лука низкого, дриады (куропаточья трава).
Участки болотной растительности отмечены только в истоках и долинах рек Черная и Белая Уба. Здесь доминируют ивы - сетчатая и ложнопятитычинковая, береза низкая, шикша, курильский чай, осоки, пушица многоколосковая.
Флора заповедника насчитывает 804 вида из 339 родов и 84 семейств. По долевому участию ведущих семейств она представляет собой типичную флору умеренных регионов Голарктики. Важнейшая черта ее - высокая степень оригинальности. Здесь произрастает 60 эндемичных и субэндемичных видов. Пять из них (пырейники - убинский, линейский, лениногорский, Нурании и лук Иващенко) -узколокальные эндемы, известные только с территории заповедника. В Красную книгу Казахстана занесены 25 видов: ковыль перистый, баранец обыкновенный, лук мелкосетчатый, кандык, башмачок капельный, ревень .алтайский, златоцвет весенний, пион степной, голосемянник алтайский, долгоног снеговой, сибирка алтайская, рапонтикум сафлоровидный, родиола розовая и другие. В общей сложности к группе нуждающихся в особой охране относится 82 вида растений или 10,2% от всей флоры заповедника.
