Музей антропологии и истории находится в Комаягуа, в старинном, отреставрированном здании 16 века, в котором располагалась первая президентская резиденция в Гондурасе. Позже здание являлось местом заседания конгресса. После того, как столица была переведена из Комаягуа в Тегусигальпу, в этом здании располагались оружейное хранилище, почта, телеграф и лишь с 1940-го года здание передали музею.
На данный момент, в этом старинном здании находится антропологический и исторический музей и школа, занимающаяся поиском и сохранением древностей. Здесь воссоздают древние ремесла для того, чтобы иметь возможность реставрировать старинные здания при помощи старинных методов. Для этого на территории школы обучают каменщиков, маляров, кузнецов, художников и т.д.
В одном из залов музея выставлена уникальная коллекция из более чем 200 снимков с карнавала на Святой Пасхальной неделе, который проводится ежегодно на улицах Комаягуа. Одним из самых известных экспонатов музея является таинственная скульптура Иисуса Христа. У этой скульптуры фиолетовые глаза и существует предание, что если долго и пристально смотреть в них, в вашей памяти всплывут самые давние, забытые мечты и воспоминания.
