Герцог Леопольд VI позвал в Вену иоаннитов (позднее мальтийцев) в начале XIII века. Их задачей был вначале уход за больными, а потом защита Веры и Святой земли.
На старой улице, которая сейчас называется Кертнерштрассе, уже в 1217 г. находился «Дом братьев ордена Святого Иоанна», упоминаемый в летописях. Это было комтурство священника, задачей которого была забота о спасении душ, забота о бедных и снаряжение крестоносцев.
Современная церковь была построена в середине XV века. Однако можно рассмотреть готическое здание, однонефное помещение с хором, видным из двора здания по Йоганесштрассе, д. 2. Церковь была переделана в стиле барокко, о чем говорят картина на алтаре, написанная Иоганном Георгом Шмидтом в 1730 г., и орган.
В XVII веке в мальтийской церкви часто проповедовал известный монах-августинец Абрахам а Санта Клара, так как церковь была тесно связана с приходом Св. Августина.
В 1806 г. по указанию комтура Франца фон Коллоредо произошла переделка фасада в стиле Ампир, с коринфскими пилястрами и маленькой башней. Также был изменен интерьер: картина на алтаре была обрамлена, были установлены алтарь-саркофаг из красного мрамора, деревянная пластика апостолов Петра и Павла, кафедра и монумент гроссмейстера ордена Жана Паризо де ла Валетта на левой стене.
В 1839 г. был построен «Йоганнесхоф», дом комтурства ордена Иоаннитов, и церковное здание было включено в линию зданий на улице Кертнерштрассе.
В 1857 г. были установлены цветные окна.
В 1933 г. в связи с высокими затратами на санитарный транспорт и хирургическую амбулаторию во время Первой Мировой войны, которые были лишь частично возмещены, а также в связи с потерей владений в Чехии, орден был вынужден продать церковь и Иоганнесхоф. Однако церковь не была разрушена, осталась в пользовании ордена и была занесена в список исторических памятников, подлежащих охране.
В 1960 г. викарию Йоганнес Граф Трапп удалось выкупить церковь.
В 1968 г. была реставрирована картина на алтаре, в 1972 г. — внутреннее помещение.
В 1983–1984 г. г. был реставрирован фасад и в 1998 г. произведен ремонт церкви.
Несмотря на то, что из готической отделки ничего не осталось, церковь сохранила свой средневековый колорит. Это однонефная трехбалочная церковь с крестообразным куполом.
При входе в церковь в первую очередь в глаза бросается большой алтарь. Он украшен статуями апостолов Павла и Петра, а также барочной копией статуи из Мариацеля.
Еще одной примечательной работой времен ампира является мраморный монумент, изображающий Жана Паризо де ла Валетта и двух закованных в кандалы турок. Он был в 1557–1558 г. г. гроссмейстером ордена Иоаннитов и защитил от турок остров Мальту, которую орден получил во владение от императора Карла V за формальный ежегодный взнос в виде сокола. После этого орден стал также называться мальтийским, а столица страны была названа Валеттой в честь своего защитника.
На боковых стенах и ажурном органе находятся многочисленные щиты комтуров венского комтурства. Краеугольный камень в пестрой оправе под верхушкой органа изображает льва, который будит рыком своих детей — это средневековый символ Христа Спасителя.
