
В ноябре 1859 года решением городского совета района St.Kilda в Мельбурне было выделено 16 акров земли для создания Ботанического сада.
Дизайн сада разработал Фердинанд Мюллер (Ferdinand von Mueller), а правительство выделило грант в £100 и вскоре сад стал популярным среди населения.


В 1948 году в саду был открыт Сад роз Алистера Кларка (Alister Clark), который немного обновили в 1985 году.
Сейчас на территории сада растет 810 деревьев, 8 из которых зарегистрированы в Национальном фонде Австралии (National Trust). Сам Ботанический сад находится в списке Наследия штата Виктория (Heritage Victoria)
Сегодня сад поддерживается в отличном состоянии благодаря группе волонтеров Друзья ботанического сада St.Kilda.